退稅；
――港區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費稅。 ――理論研究，可行性論證
――請示文件上報省級人民政府
――省級人民政府上報國務院
――國務院批轉各部委閱辦
國務院辦公廳批轉海關部署牽頭閱辦。海關總署綜合各部委意見形成的《關于建立**保稅港區的請示》文件完成10部委會簽工作，并正式上報國務院。
――國務院批復請示
保稅港區與保稅區的區別主要體現在：
從發展形態上講，保稅港區是我國保稅經濟區域的高級形態；從功能上講，保稅港區疊加了保稅區、出口加工區、保稅物流園區各項功能政策；從發展趨向上講，保稅港區是未來我國建設自由貿易區的先行實驗區；從運作模式上講，保稅港區實現了保稅區域與港口的實質聯動。
保稅港區正以其最齊全的功能、最優惠的政策、最大的開放度，成為我國繼保稅區之后，最為特殊的外向型經濟區域。“保稅區”與“保稅港區”，雖一字之差，但內涵相去甚遠。
――保稅區：功能比較單一
從1990年到2008年底，我國先后共設立了15個保稅區，并賦予其最優惠的政策和最大的開放度，即“境內關外”。長期以來，保稅區成為中國經濟融入世界、參與國際競爭的重要結點和橋頭堡。
但隨著世界經濟的發展尤其是經濟全球化進程的加快，保稅區這種形式已經滿足不了中國更好地參與全球經濟的需要。例如，越來越多的跨國公司在中國投資，其產品在研制、生產、銷售等環節需要高度的國際化，迫切需要一個具備國際配送、國際采購、國際中轉等功能，且貨物能自由、高效流通的區域。而保稅區功能較為單一。
與此同時，中國對外開放水平的全面提高，使保稅區原來的政策和功能優勢逐步弱化。徐復說，加入世界貿易組織后，中國內地工業品的平均關稅大幅降低，2001年為14．7%，2005年降至約9．5%，并取消所有的非關稅措施，使保稅區的關稅效應不斷減弱。
從保稅區十多年的運作來看，15個保稅區中規模參差不齊，功能也不盡相同，總體看都偏重于貿易和加工，物流功能等相對薄弱。而且，一些優惠政策并沒有落實到位。國務院發展研究中心李伯溪教授認為，一些保稅區在實際運作中并沒有嚴格執行“境內關外”政策，相關優惠政策并沒落到實處。她認為，這些保稅區政策“有很大的改革開放進展和相當的經濟自由化程度，但總體上仍是‘境內關內’的海關特殊監管區”。
――保稅港區：整合多種外向型功能區之功能
隨著經濟全球化進程加快和保稅區的不足日益顯現，保稅港區應運而生，成為中國進一步深化改革、擴大開放、帶動區域發展的試驗基地。
與保稅區相比，保稅港區的內涵更為豐富，功能更為齊全。從字面上很容易看出，保稅港區比保稅區多了碼頭和港口的功能。我國設立的五大保稅港區，都是依港而建。世界上知名的自由貿易區如德國的漢堡港、荷蘭的鹿特丹港，都是與港口相連，并實行區港一體化管理。
專家認為，在港口設立保稅港區，就是要使港口發展為國際樞紐港的同時，在港口建設國際物流中心，發展貿易、海運、海運代理、貨代、倉儲、商展、金融等業務，為進出口貿易、國際轉口貿易提供便利、優質和低成本的物流服務。除了港口的功能外，保稅港區還整合了原來保稅區、保稅物流園區、出口加工區等多種外向型功能區的所有功能。保稅港區具有的功能主要有：國際物流功能。保稅港區不僅能使國外產品快速進入中國國內市場，又可以方便地轉口去其他國家，降低經營成本，同時，還能產生聚集效應，使多個跨國公司的物流中心集結在同一保稅港區內，帶動區內倉儲業、運輸業、貿易業、金融業、信息業等多種服務業發展。國際貿易功能。工貿結合型或單純貿易型的企業都可以利用保稅港區的區位優勢和物流設施開展進出口貿易和轉口貿易等業務。出口加工功能。在保稅港區可發展外向型加工工業，主要包括原料零部件在海外及銷售市場在海外的產品的加工、依托境外先進技術的高科技新型產品的制造等。商品展示功能。在保稅港區可建立大型的商品展示場館，使國內客戶不出國門就可以在區內直接就地觀摩世界各國的商品，并可以在看樣后當即簽訂合同，辦理進口手續；境外客戶也可以在區內看樣后與國內企業簽訂出口合同。
――保稅港區：疊加稅收、監管等多項優惠政策
專家認為，實際上，保稅區與保稅港區，其本質是一致的，即“境內關外，自由免稅”，只是保稅區的優惠政策不足，且一些優惠政策并未落到實處。與傳統保稅區相比，保稅港區不僅是真正的“境內關外”，還享受稅收、監管等各項更為優惠的政策。
在稅收方面：從境外進入保稅港區的貨物，海關按照有關規定予以保稅，或者免征關稅和進口環節稅；從保稅港區運往境外的貨物，免征出口關稅；從保稅港區進入國內的貨物，按照貨物進口的有關規定辦理報關手續，并按照貨物實際狀態征收關稅和進口環節稅；保稅港區企業生產的供區內銷售或者運往境外的產品，免征相應的增值稅和消費稅；保稅港區企業之間的貨物交易，不征收增值稅和消費稅；國內貨物進入保稅港區視同出口，按照規定實行退稅。
在監管方面：
據天津海關關長黃勝強介紹說，天津海關正積極探索特殊監管區域管理制度創新，推進海關特殊監管區域整合和政策疊加工作。不僅監管更為寬松，而且通關更為便捷，單票貨物通關時間僅需要十幾秒鐘。
天津東疆保稅港區 2006年8月31日經國務院批準設立，規劃面積10平方公里，重點發展國際中轉、國際配送、國際采購、國際轉口貿易和出口加工等業務，實現貨物、資金、人才自由流進流出，將建成我國北方國際航運中心和國際物流中心的核心經濟功能區。
遼寧大連大窯灣保稅港區 2006年8月31日經國務院批準設立，規劃面積6.88平方公里，將建設成為東北亞資源性商品集散地，東北亞重要國際航運中心的核心功能區。構建以大窯灣保稅港區為龍頭，以沈陽、長春、哈爾濱等腹地保稅物流中心和內陸干港為節點的東北保稅物流網絡。
海南洋浦保稅港區 2007年10月經國務院批準設立，規劃面積9.2036平方公里，將建成為環北灣地區最為開放的航運中心和石油、天然氣、化工、礦產資源、漿紙等能源、原材料保稅倉儲、中轉交易的物流中心及出口加工基地；建成為我國南海油田資源開發提供國際采購、國際配送、保稅倉儲、保稅加工以及開采船舶的維修、補給等提供后勤保障基地；建成為面向東南亞的進出口貿易基地，帶動海南熱帶高效農業和勞動密集型出口加工業發展。
浙江寧波梅山保稅港區 2008年2月24日，國務院批準設立寧波梅山保稅港區，這是繼上海洋山、天津東疆、大連大窯灣、海南洋浦之后的中國第五個保稅港區。寧波梅山保稅港區位于梅山島，規劃面積7.7平方公里，四至范圍：東到碼頭岸線（含泊位），南至南峰路，西北以沿港路、梅山大道、港區路圍合為界。寧波梅山保港區實行封閉管理，其功能和有關稅收、外匯政策執行《國務院關于設立洋山保稅港區的批復》的相關規定。
廣西欽州保稅港區 2008年5月29日，國務院批準設立廣西欽州保稅港區，規劃面積10平方公里，這是繼上海洋山、天津東疆、大連大窯灣、海南洋浦、寧波梅山之后的全國第六個保稅港區，也是我國中西部地區唯一的保稅港區。功能定位：廣西欽州保稅港區是廣西北部灣經濟區開放開發的核心平臺；是中國—東盟合作以及面向國際開放開發的區域性國際航運中心、物流中心和出口加工基地。
福建廈門海滄保稅港區 2008年6月5日，國務院批準設立廈門海滄保稅港區，規劃面積9.5092平方公里。成為全國第七個保稅港區。
山東青島前灣保稅港區 2008年9月27日，國務院下發《關于同意設立青島前灣保稅港區的批復》，青島前灣保稅港區正式獲準建設，成為我國第8個保稅港區，也是全國唯一一家按照“功能整合、政策疊加”要求，以保稅區、保稅物流園區以及臨近港口整合轉型升級形成的保稅港區。前灣保稅港區的設立，對于提升青島這座百年港城的國際化水平、推動環渤海經濟圈競合發展、輻射帶動沿黃流域九省區開發開放具有重要意義。
廣東深圳前海灣保稅港區 2008年10月18日獲國務院正式批復同意設立。這是繼青島前灣保稅港區后由國務院批準的國內第9個保稅港區。據了解，該保稅港區位于深圳港西部港區，規劃控制面積3.71209平方公里，其功能包括國際中轉、配送、采購、轉口貿易和出口加工等業務，同時享受保稅區、出口加工區有關“國外貨物入港區保稅”等稅收和外匯管理政策。 根據國務院的批復要求，該保稅港區將實行封閉管理，并嚴格實施土地利用總體規劃和深圳市城市總體規劃，其不僅要按規定程序履行具體用地報批手續，而且要求擬定保稅港區的開發實施方案和產業發展規劃。此外，該港區將按照海關特殊監管區域有關規定組織保稅港區隔離監管設施的建設。
廣東廣州南沙保稅港區 2008年10月18日，國務院下發了《國務院關于同意設立廣州南沙保稅港區的批復》，這是繼2005年6月以來，上海洋山、天津東疆、大連大窯灣、海南洋浦、寧波梅山、廣西欽州、廈門海滄、青島前灣保稅港區、深圳前海灣保稅港區后，由國務院批準設立的國內第10個保稅港區。廣州南沙保稅港區位于廣州市南沙區龍穴島上， 珠江出海口，規劃面積7．06平方公里。南沙保稅港區實行封閉式管理，并按照海關特殊監管區域有關規定組織保稅港區隔離監管設施的建設，享受的主要稅收政策為：國外貨物入港區保稅；貨物出港區進入國內銷售按貨物進口的有關規定辦理報關手續，并按貨物實際狀態征稅；國內貨物入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費稅。
重慶江北寸灘保稅港區，2008年11月12日經國務院批準設立。該保稅港區規劃控制面積8.37平方公里，唯一一個位于中國內陸地區的保稅港區，第一個采取“水港+空港”的保稅港區。重慶保稅港區包括寸灘港、兩路空港兩大組成部分，名為“兩路—寸灘保稅港區”。重慶的目標是將其打造成中西部地區功能最全、效率最高、政策最優的特殊監管區，通過區域通關改革，形成出海大通道，變內陸口岸為開放前沿。 保稅港區作為我國對外開放的戰略高地，擁有最齊全的功能政策優勢，國家也允許其在許多領域進行改革試驗。但由于各地保稅港區的港口基礎不一、經濟腹地不同、國際經貿關系有異，不可能全部鋪開所有的政策，必須走個性化、差異化、特色化發展的路子。根據自身條件，明確功能定位，已經成為全國保稅港區的普遍共識，也是保稅港區發展質量高低、輻射效應優劣、國際影響力大小的重要前提。從全國保稅港區的建設發展實踐來看，主要在區域經濟中扮演著以下幾種角色。
（一）國際航運中心。中國作為世界經濟貿易投資中舉足輕重的參與者，需要一個在全球經濟體系中參與更高層次國際分工的高端平臺，而建設國際航運中心是一條具有客觀需要和實踐可行性的重要路徑。國際航運市場發展與競爭的實踐表明，航運中心建設主要取決于集裝箱中轉量，吸引國際集裝箱中轉業務的關鍵在于自由貿易政策。中國的貿易進出口已經達到了25616億美元的規模，但在眾多港口城市中還沒有具有成熟中轉能力的國際樞紐型港口，絕大部分進出口貨物都需要經過周邊國家進行轉運輸送。據統計，作為中國北方最大的集裝箱港和世界第7大港口，青島港2008年集裝箱吞吐量達1050萬標箱,但中轉箱量僅有57萬標箱，所占比例不到5%。反觀青島港在東北亞地區最主要競爭對手的韓國釜山港，2008年集裝箱吞吐量為1432萬標箱，而國際中轉箱量卻高達600萬標箱，占其總體業務42%，其中來自我國北方的中轉貨物超過300萬標箱。保稅港區的設立，可以充分發揮其特有的國際中轉功能，健全集疏運體系，拓展增值服務業務，增強政策輻射效應，提升中國港口的綜合服務能力和國際競爭力，打造大通關、大物流、大開放的自由