1.備案申請保稅
經國家批準的保稅區域，包括保稅區、出口加工區從境外運入區內儲存、加工、裝配后復運出境的貨物，已經整體批準保稅，備案階段與報關階段和并，省略了按照每一個合同或每一批貨物備案申請報稅的環節。
經國家批準的保稅倉庫，在每一批貨物進境入庫之前必須按照每一批貨物為單位進入備案申請報稅的環節：倉庫經營人向主管海關提出保稅申請，主管海關審核后批準保稅，倉庫經營人憑海關批準報稅的單證辦理申報貨物進境入庫手續。
加工貿易進口料件，包括來料加工、進料加工、外商投資企業履行產品出口合同、保稅工廠、保稅集團進口料件，則必須按照每一個合同為單位進入備案申請報稅階段。加工貿易進口料件備案批準報稅階段的具體環節是：企業合同備案、海關批準保稅、設立或不設立銀行臺帳、海關核發《手冊》。
2.進出境報關
所有經海關批準保稅的貨物，包括區域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿易經海關批準準予保稅的貨物，在進出境時都必須和其他貨物一樣進入進出境報關階段;與一般進出口貨物報關階段不同的是，保稅貨物暫緩納稅，不進入納稅環節，但應當收取監管手續費。
進出境報關階段的具體環節是：申報、配合查驗、繳納或免納監管手續費、提取貨物或裝運貨物。
3.報核申請結案
報核申請結案階段的具體環節是：企業報核、海關受理、實施核銷、結關銷案。
所有經海關批準保稅的貨物，包括區域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿易經海關批準準予保稅的貨物，都必須按規定由保稅貨物的經營人向主管海關報核，海關受理報核后進行核銷，核銷后視不同情況，分別予以結關銷案：
① 區域保稅貨物因為沒有規定具體的保稅期限，所以最終的結案應當以進區貨物最終全部出境或出區辦結海關手續為結案標志。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出區辦結海關手續的，則不能結案，結轉到下期繼續監管，直到能夠結案。
② 倉儲保稅貨物應當以該貨物在規定的保稅期限內最終全部出境或出庫辦結海關手續為結案標志。每月報核一次。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出庫辦結海關手續的，則不能結案，結轉到下期繼續監管，直到能夠結案或者到期變賣處理。
③ 加工貿易經海關批準準予保稅的貨物應當以該加工貿易合同項下產品在規定期限內全部出口或者部分出口，不出口部分全部得到合法處理為結案標志。海關受理報核后，在規定的核銷期限內實施核銷，對不設立臺帳的，予以結案;對設立臺帳的，應當到銀行撤銷臺帳，然后結案。
一、出口退稅登記的程序
1、有關證件的送驗及登記表的領取
企業在取得有關部門批準其經營出口產品業務的文件和工商行政管理部門核發的工商登記證明后，應于30日內辦理出口企業退稅登記。
2、退稅登記的申報和受理
企業領到“出口企業退稅登記表”后，即按登記表及有關要求填寫，加蓋企業公章和有關人員印章后，連同出口產品經營權批準文件、工商登記證明等證明資料一起報送稅務機關，稅務機關經審核無誤后，即受理登記。
3、填發出口退稅登記證
稅務機關接到企業的正式申請，經審核無誤并按規定的程序批準后，核發給企業“出口退稅登記正”
4、出口退稅登記的變更或注銷
當企業經營狀況發生變化或某些退稅政策發生變動時，應根據實際需要變更或注銷退稅登記。
二、辦理出口退稅的報關手續
1、出口貨物退稅企業應在其出口貨物裝載的運輸工具辦結海關手續后，向其報關的海關申請辦理出口貨物的退稅專用報關單（淺黃色）。出口貨物在口岸海關直接辦理出口手續的，由企業在口岸海關辦理。出口貨物在內地海關報關后轉關至口岸海關出口的，內地海關在收到口岸海關的轉關的通知單回執后，才予辦理出口貨物退稅專用報關單。海關根據實際出口貨物的數量、價格等簽發出口貨物專用報關單，并按規定收取簽證費。海關簽發出口貨物退稅專用報關單的時間為：裝載出口貨物的運輸工具辦結海關手續之日起，至海關放行貨物之日起的六個月內。
2、辦理出口退稅必須在出口貨物實際離境后，因此，存入出口監管倉庫的出口貨物要待貨物提取出倉庫并裝載運輸工具離境后，海關才能簽發出口貨物退稅裝用報關單。通過轉關運輸方式存入出口監管倉庫的貨物，企業應在貨物裝載運輸工具離境后，向處境地海關申請辦理出口貨物退稅專用報關單。
3、提取出口保稅倉庫貨物銷售給國內企業或三資企業進行深加工產品復出口的，海關按結轉加工的有關規定辦理，不予簽定出口貨物退稅專用報關單。
4、企業遺失海關簽發的出口貨物退稅專用報關單可以補辦，補辦時間為自該出口貨物辦結海關出口監管手續之日起6個月內。補辦時，企業應先到主管其出口退稅的地（市）國家稅務局申請，稅務機關經核實出口貨物確實未辦理過退稅后，簽發《關于申請出具（補辦報關單）證明的報告》。企業得到《報告》后，應該到出口貨物原簽發海關去辦理補辦報關手續。海關憑《報告》補簽出口貨物退稅專用報關單。
5、企業開展進料加工業務出口貨物辦理出口退稅，必須持外經貿主管部門批件，先送主管其出口退稅的稅務部門審核簽章，稅務部門逐筆登記并將復印件留存備查。海關憑有主管出口退稅稅務部門印章的外經貿主管部門的批件，方能辦理出口料件“登記手冊”。企業因故未能執行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理注銷手續。
6、外商投資企業辦理出口貨物退稅，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》和國務院有關規定，對1994年1月1日以后辦理工商登記的外商投資企業生產出口貨物，符合《出口貨物退（免）稅管理辦法》的在辦結海關出口手續后，可申請辦理出口貨物退稅專用報關章。
7、出口貨物遇特殊情況發生退關或退運，如海關已簽發了出口貨物退稅專用報關單，報關人需將該報關單退交海關；如企業以交國家稅務局辦理了退稅手續，則應向稅務局申請《出口商品退運已補稅證明》，在辦理退關或退運報關時隨報關單等一并遞交海關，才予辦理退關或退運。
8、對出口企業違法騙取退稅的行為，由海關和稅務機關按有關規定分別處理。
外貿企業出口退稅流程一、外貿企業應在貨物報關出口之日起90日內，準備以下出口退稅單證，用于出口退稅申報
主要包括：1、出口貨物報關單(出口退稅專用)；2、出口形式發票（INVOICE）；3、購進貨物的增值稅專用發票(抵扣聯，并應自開票之日起3個月內辦理認證手續)或分批單；4、外匯核銷單(出口退稅聯)；5、主管稅務機關要求提供的其他資料
二、外貿企業應在貨物報關出口后，及時取得出口貨物報關單，并登錄電子口岸，查詢比對出口信息與紙質報關單是否一致
若一致，應在每個工作日的上午8：00至下午16：00向國稅局提交電子信息
三、根據主管稅務機關要求，使用指定的外貿企業出口退稅申報軟件錄入出口退稅信息，生成出口退稅申報數據，傳遞至軟盤
四、整理、裝訂出口退稅報表、單證成冊，在規定的申報時間內辦理出口退稅正式申報
若申報數據準確、單證無誤、報表一致，則通過審核，轉入審批環節；若存在需要調整、更正的數據或單證及報表，則應按主管稅務機關的要求進行處理
五、對于已經審批完畢的出口貨物，主管稅務機關將按法定程序辦理退庫手續
外貿企業應根據銀行退轉的出口退稅退付憑證進行賬務處理，至此申報完畢
附：外貿企業出口退稅申報錄入的操作流程 基本要求：1、申報軟件：外貿企業出口退稅申報系統10
0版（該軟件從本網站下載、安裝，并進行系統維護，之后方可操作使用）2、申報系統安裝路徑：c:/出口退稅/出口退稅申報系統10
0版3、拷取或下載認證發票信息的保存路徑：A:/出口退稅/認證發票信息4、網上下載預審反饋信息的保存路徑：c:/出口退稅/審核反饋信息 (注：以上內容可以根據個人習慣自行設置，出口退稅稅種僅指增值稅,以下僅指出口退稅申報而不包括單證申報,由于出口退稅遠程申報系統和出口退稅申報軟件的不斷更新，以下內容可能會存在變動的地方，請注意查詢最新通知
)第一步：進入外貿企業出口退稅申報系統10
0版，所屬期為200901第二步：錄入出口退稅出口明細數據：選擇“基礎數據采集/出口明細申報數據錄入”，點擊“新增”關聯號：2009010001（共10位200901為年月00001為錄入序號）部門代碼、部門名稱：企業沒有分部核算，則此為空申報年月：當月申報的批次數
第1次申報為01（2位），也可輸入1后回車生成申報批次：當月申報的批次數
第1次申報為01（2位），也可輸入1后回車生成序號：同一關聯號下多項進貨的順序號，0001（4位），也可輸入1后回車生成進料登記冊號：非進料加工業務，此處為空出口發票號：出口形式發票（INVOICE）的號碼報關單號：報關單上海關編號的后9位+0+報關單上列示的出口商品項號(01)共12位出口日期：報關單上的出口日期美元離岸價：出口商品的出口美元離岸價，幣種及成交方式不一致的，需要換算
核銷單號：見報關單上的批準文號商品代碼：出口商品的商品編號商品名稱：系統根據以上商品編號自動生成單位：系統根據以上商品編號自動生成出口數量：報關單上出口商品的數量實退稅數量：系統自動生成平均單價：同上出口進貨金額：同上退稅率：同上退增值稅稅額：同上退消費稅稅額：同上代理證明號：“代理出口證明”的編號+01遠期收匯證明：遠期收匯證明的編號備注： 標識：申報標志：調整標志：回車后，系統提示，點擊“保存”則保存此筆記錄，點擊“保存并增加”則保存此筆記錄后新增一條空白記錄
出口明細數據錄入完畢后，點擊“審核認可”按鈕，選擇數據范圍為“當前篩選條件上所有記錄”，選擇操作為“審核”，點擊“確認”，則所有進貨明細數據的標識一欄設置為“R” 點擊“退出”，回出主界面
第四步：錄入出口退稅購進明細數據選擇“基礎數據采集/進貨明細申報數據錄入”，點擊“增加”關聯號：2009010001（10位）稅種：V(此處僅指增值稅)部門代碼、部門名稱：企業沒有分部核算，則此為空申報年月：系統根據所屬期自動填，如2009年1月，則填200901（6位）申報批次：當月申報的批次數
第1次申報為01（2位），第2次申報為02，依次類推序號：同一關聯號下多項進貨的順序號，0001（4位），依次類推發票號碼：購進貨物的增值稅專用發票右上角的數字（8位），回車后自動生成以下項目發票代碼：系統根據讀入的認證發票信息自動生成進貨憑證號：同上 分批批次：同上供貨方納稅號：同上
發票開票日期：同上商品代碼：此票貨物