法律分析：北京有北京仲裁委員會（BAC）、中國國際經濟貿易仲裁委員會（CIETAC）和中國海事仲裁委員會三家商事仲裁機構。而大部分的仲裁案件均在北仲和貿仲進行裁決。北仲與貿仲的仲裁規則均是以《中華人民共和國仲裁法》為基礎而制定的。仲裁法只對仲裁范圍、管轄、仲裁裁決效力等基本問題進行規定。如企業需要在這兩家仲裁機構進行仲裁，需要詳細了解其自行指定的具體仲裁規則。
法律依據：《中華人民共和國仲裁法》
第十六條 仲裁協議包括合同中訂立的仲裁條款和以其他書面方式在糾紛發生前或者糾紛發生后達成的請求仲裁的協議。
仲裁協議應當具有下列內容: 請求仲裁的意思表示；仲裁事項；選定的仲裁委員會。
第四條 當事人采用仲裁方法解決糾紛，應當雙方自愿，達成仲裁協議。仲裁協議的效力，指的是雙方當事人依照合法的程序，本著自愿的原則所簽署的仲裁協議是有法律效力的，受法律保護的。比如，簽訂有合法的仲裁協議的，發生糾紛后，提交仲裁協議，是必須用仲裁來解決糾紛的。
i仲裁費北京仲裁委員會要少一些，但是中國國際經濟貿易仲裁委員會收費并沒有超出標準，相對高一些。
ii中國國際經濟貿易仲裁委員會是中國仲裁界的NO。1，是否更專業不好說，因為仲裁本身就是專家型斷案。
iii如果是涉外的案件我推薦你到中國國際經濟貿易仲裁委員會，當然這里面要考慮很多的因素，因為對你要仲裁案件不熟悉不好說。
iiii這兩家仲裁裁決的公信力都是比較高的。仲裁時候的程序也不存在原則性的區別。也都遵循仲裁的各項基礎性原則。
SO 同一個案子在這兩處仲裁不會有什么區別。
補充 可能在七、八千的樣子。和法院是一樣的，誰輸誰承擔。
【1】中國國際經濟貿易仲裁委員會
中國國際經濟貿易仲裁委員會
（ 英文簡稱CIETAC，中文簡稱“貿仲委”）
是世界上主要的常設商事仲裁機構之一。
【2】根據《仲裁法》設置了《中國國際經濟貿易仲裁委員會》
【3】資料來源：中國國際經濟貿易仲裁委員會。
《中國國際經濟貿易仲裁委員會仲裁規則》第二條第八款規定：雙方當事人可以約定將其爭議提交仲裁委員會在北京進行仲裁，或者約定將其爭議提交仲裁委員會華南分會在深圳進行仲裁，或者約定將其爭議提交仲裁委員會上海分會在上海進行仲裁；如無此約定，則由申請人選擇，由仲裁委員會在北京進行仲裁，或者由其華南分會在深圳進行仲裁，或者由其上海分會在上海進行仲裁；作此選擇時，以首先提出選擇的為準；如有爭議，應由仲裁委員會作出決定。
所以，可以由仲裁委員會來做決定。
并且，合約當初約定的是中國國際經濟貿易仲裁委員會，并選擇了上海的分會，分會是仲裁委員會的組成部分，所以，合約首先選擇的是中國國際經濟貿易仲裁委員會，而并不是上海。