外貿企業出口貨物申報出口退稅的單據是購進出口貨物的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書。如果外貿企業采購的貨物是工廠包運的，也就是說工廠銷售貨物的同時提供運輸服務，開具了一張合并的增值稅專用發票，此種情況外貿企業運費是可以退稅的。
二、分析
相關法律規定，用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產。看到這條規定應明確的是如果出口收入是免稅的，那么運費發票時不能用于抵扣的。。實操中如果取得不能用于抵扣的運輸費增值稅專用發票也是需要進行認證或勾選的，否則會出現滯留票。
三、抵扣進項稅額是什么意思？
進項稅額扣除是指企業在生產經營的過程中購進原輔材料和銷售產品后，應該從產值中扣除的進項稅額。進項稅是在購買商品時發生的稅務，可以用銷項稅抵扣。如果進項稅作為今后幾個月的抵稅額，那么銷項稅額過多，應向稅務部門繳稅。納稅人銷售貨物、勞務、勞務、無形資產和不動產的，以當期銷項稅額扣除當期進項稅額后的余額為應納稅額。
符合下列條件的出口視同內銷貨物，其進項稅額可以抵扣。根據國家稅務總局《關于外貿企業出口視同內銷貨物進項稅額抵扣有關問題的通知》（國稅函〔2008〕265號）規定：
1.外貿企業購進貨物后，無論內銷還是出口，須將所取得的增值稅專用發票在規定的認證期限內到稅務機關辦理認證手續。凡未在規定的認證期限內辦理認證手續的增值稅專用發票，不予抵扣或退稅。
2.外貿企業出口貨物，凡未在規定期限內申報退（免）稅或雖已申報退（免）稅，但未在規定期限內向稅務機關補齊有關憑證，以及未在規定期限內申報開具《代理出口貨物證明》的，自規定期限截止之日的次日起30天內，由外貿企業根據應征稅貨物相應的未辦理過退稅或抵扣的進項增值稅專用發票情況，填具進項發票明細表（包括進項增值稅專用發票代碼、號碼、開具日期、金額、稅額等），向主管退稅的稅務機關申請開具《外貿企業出口視同內銷征稅貨物進項稅額抵扣證明》。
3.已辦理過退稅或抵扣的進項發票，外貿企業不得向稅務機關申請開具《證明》。外貿企業如將已辦理過退稅或抵扣的進項發票向稅務機關申請開具《證明》，稅務機關查實后要按照增值稅現行有關規定進行處罰，情節嚴重的要移交公安部門進一步查處。
外貿企業費用類進項票用認證嗎
用于出口的貨物進項依然需要及時做進項認證,費用類進項票是不需要認證的,因為不參與退稅但是由于出口貨物進項不得參與抵扣,所以在申報時需要將已認證的進項做進項轉出.
在確認購進貨物時依然按照國內采購貨物的方式確認進項,為了區分國內銷售貨物與出口貨物的區別,可設置出口貨物進項明細科目,待確認出口收入時同時轉出對應的進項分別計入應收退稅款及銷售成本(不退稅部分按規定應計入出口貨物銷售成本).
外貿企業取得的費用發票可以抵扣嗎?
外貿企業出口貨物申報出口退稅的單據是購進出口貨物的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書.如果外貿企業采購的貨物是工廠包運的,也就是說工廠銷售貨物的同時提供運輸服務(混合銷售),開具了一張合并的增值稅專用發票,此種情況外貿企業運費是可以退稅的(實操中可以適當籌劃哦).如果是外貿企業自己聯系的運輸公司,把貨物從工廠運輸到場站,運輸公司開具了一張增值稅專用發票,這種發票可以抵扣嗎?先看看有關的規定吧!
中華人民共和國增值稅暫行條例第十規定,下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣:用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產.看到這條規定應明確的是如果出口收入是免稅的,那么運費發票時不能用于抵扣的!
出口收入共分為三種情形:一、出口退稅:免除出口環節增值稅、消費稅,并按相應退稅率退還以前各環節繳納增值稅、消費稅;二、出口免稅:免除出口環節增值稅、消費稅,但不退還以前各環節繳納增值稅、消費稅,而且納稅人要轉出以前環節抵扣的進項稅.三、出口征稅:出口環節按內銷繳納增值稅、消費稅,不退還以前各環節繳納增值稅、消費稅,納稅人以前環節的進項稅可以抵扣.
如果外貿企業出口收入是第一、第二種情形,運費發票是不能用于抵扣的.如果是第三種情形是可以抵扣的.實操中如果取得不能用于抵扣的運輸費增值稅專用發票也是需要進行認證或勾選的,否則會出現滯留票,增值稅納稅申報時此發票需要在增值稅納稅申報表附表二第35欄體現,然后在增值稅納稅申報表附表二26、27、28欄次填寫.
外貿企業出口退稅以進貨專用發票為依據，要求進項不得抵扣。取得專用發票認證后，直接在增值稅申報表附表二的第26、27、28欄填列。對有一些地區可以對該出口退稅所用的發票先進行抵扣，然后再做進項轉出，這種模式需要征得主管稅局同意后方可操作。
進項稅額是指當期購進貨物或應稅勞務繳納的增值稅稅額。在企業計算時，銷項稅額扣減進項稅額后的數字，才是應繳納的增值稅。因此進項稅額的大小直接關系到納稅額的多少。一般在財務報表計算過程中采用以下的公式進行計算：
進項稅額=(外購原料、燃料、動力)*稅率
進項稅額是已經支付的錢，在編制會計分錄的時候記在借方。
準予抵扣
外貿企業出口貨物實行出口零稅率的政策，稅法規定，用于免稅收入所取得的進項稅額不允許抵扣。因此外貿企業在購進商品或者服務時，往往把出口貨物取得的進項稅額認證后計入“增值稅申報表中附表二”第28欄“其中：按照稅法規定不允許抵扣”一欄中，以后進行出口退稅的申請；對于企業取得的其他與出口貨物退稅無關的固定資產、辦公用品以及運輸發票，在以往會計核算工作中，往往被認為是適用于免稅收入的取得的進項發票，其進項稅額不得抵扣，從而在認證后做進項稅額轉出調整。
但是所有企業的經營都可能會發生非正常情況，如果
增值稅和關稅。
1、外貿企業在購買商品或接受服務時支付的增值稅可以作為進項稅進行抵扣，包括從國內供應商購買的原材料、零部件、包裝材料等。
2、外貿企業在進口商品時支付的關稅可以作為進項稅進行抵扣，關稅是根據進口商品的類別和稅率計算的，可以通過申報報關單和支付關稅來證明。