（1）外貿企業出口貨物發生退運的，應先向主管稅務機關申請開具《出口貨物退運已補稅（未退稅）證明》并攜其到海關申請辦理出口貨物退運手續。出口企業發生退貨，需在出口退稅申報系統進行退運證明錄入，生成電子數據，持紙質退運已補稅（未退稅）證明申請表等資料去主管稅務機關辦理出口商品退運證明。外貿企業發生退運的，已申報退稅的，需先補稅，未申報退稅的，不需補稅。申請開具《出口貨物退運已補稅（未退稅）證明》時應填報《退運已補稅（未退稅）證明申請表》，提供正式申報電子數據及下列資料：
①出口貨物報關單（退運發生時已申報退稅的，不需提供）；
②出口發票（外貿企業不需提供）；
③稅收通用繳款書原件及復印件（退運發生時未申報退稅的不需提供）；
④主管稅務機關要求報送的其他資料。
在外貿企業出口退稅申報系統錄入退運證明的操作說明:
進入外貿企業出口退稅申報系統－進入向導－單證申報向導，(1)第二步－單證申報數據錄入-退運已補稅（未退稅）證明申請表-錄入數據后‚點擊“設置標志”；(2)第五步-生成正式申報軟盤-打印單證申報數據-退運已補稅（未退稅）證明申請表；(3) 第五步-生成正式申報軟盤-生成單證申報數據。
（2）外貿企業退運時的賬務處理：
沖減退運收入：
借：應收外匯賬款（紅字）
貸：主營業務收入－出口收入（紅字）
借：主營業務成本（紅字）
貸：庫存商品（紅字）
借：主營業務成本（征退稅率之差）
貸：應交稅費－應交增值稅（進項稅額轉出）（征退稅率之差）
對已辦理申報退稅的出口貨物，根據其主管稅務機關規定的應補交稅款，作如下會計分錄：
借：應交稅費－應交增值稅（出口退稅）
主營業務成本（消費稅退稅）
貸：銀行存款
這個退運補稅，有兩種：一是補給海關的，二是補給稅務的。
一般的退運，如果符合免征的，則海關不征收進口關稅什么的，但必須提供當初出口時候的報關單退稅聯，還有稅務出具的未退稅證明（如果你已經退稅了，則要把這個退稅，退還給稅務局）。這就是給稅務的那種補稅。
另一種給海關的，那是因為你的退運理由，不是海關核準的免征范圍，則不按退運，而是要征稅進口。此時要向海關補關稅/增值稅等等。
以上的補稅，在下次出口時，一般不能直接再退回。有兩種辦法：
1是進口時不要先補稅，而是申請辦理全額保證金進口。也就是先交上等值于稅款的保證金，等到下次出口后，把保證金退回即可，這樣省了退稅的復雜手續了。
2是上述方法不批準的話，只好交稅，然后下次出口當作一個單獨新業務，另行辦理退稅即可。
法律客觀：
《出口貨物退（免）稅管理辦法》第十條，出口商報送的出口貨物退(免)稅申報資料及紙質憑證齊全的，除另有規定者外，在規定申報期限結束前，稅務機關不得以無相關電子信息或電子信息核對不符等原因，拒不受理出口商的出口貨物退(免)稅申報。
首先你要確定你的退運還是退換，如果是退了不再出口，那么就是退運，退運是需要補稅的，而且需要到主管稅務機關開具退運證明,憑退運證明到海關辦理手續。如果是退換，就是返修之后還要出去的，就不用補稅，但是仍要去稅務機關開具證明。
來料、進料、一般貿易退運是有區別的。來料加工一般是指只收加工費的貿易方式，一般不存在退運問題。進料加工分進料對口和進料深加工，進料深加工不存在退運問題，因為進料深加工其實就是轉廠業務。進料對口和一般貿易的退運是一樣的。
一、確定當期（注意：指申報所屬期，如2006年01月，下同）出口銷售額
錄入前的準備工作：先整理外銷發票并與當期記出口銷售明細賬的外銷發票核對，確定當期應當作為免抵退稅申報的外銷發票。進出口部門制的用于報關的外銷發票，應給財務二份，其中一份附記賬憑證后作為記銷售明細賬的依據，一份作為申報免抵退稅的單證。財務入賬時，對一份作為申報免抵退稅單證的外銷發票上注明記賬匯率，免抵退稅申報時按此匯率錄入；核算審核公式：當期外銷發票金額+當期賬面調整數=當期增值稅納稅申報表第7欄本月數
以上是免抵退稅管理的起點、源頭，也是避免出口貨物財務不及時記銷售賬問題的關鍵。傳統的以收到外匯貨款時才記銷售賬，不僅是沒有必要的，也是有害的。每年都有新出口企業出口貨物后，由于入賬不及時，導致管理混亂、逾期申報，不僅沒有享受到免抵退稅，有的還視同內銷補稅。
然后，在當期應作為免抵退稅申報的所有外銷發票上逐一虛擬出口報關單號（規則是6位申報所屬期+3位順序號+3位項號，如200601001001、200601002001等。為了簡化錄入，一份外銷發票僅虛擬成一條記錄即可，而不必考慮將來的報關單狀況。）、核銷單號（規則是6位申報所屬期+3位順序號，如200609001等）、代理出口貨物證明號（規則是6位申報所屬期+4位順序號+2位項號，如200611000101等）。查真實的報關單號、商品代碼等成本較高，并且，如果不準確同虛擬沒什么區別；另外，當期出口能全部取得報關單的可能性也不大。
外銷發票是記賬的依據，又是海關制報關單的依據，也是申報免抵退稅的單證之一。因此，在管理上應給予足夠的重視。
完成了以上工作，就可以在“出口貨物明細申報錄入”菜單操作。注意：C類企業“單證不齊標志”一律錄入BH；代理出口貨物證明“單證不齊標志”錄入一律為D
當期賬面調整數（包括沖減運保傭、退運等），也在“出口貨物明細申報錄入”菜單操作，報關單號、核銷單號虛擬規則按申報年月加序號900錄入（如200601900001、200601900），在“出口發票號碼”欄注明“賬面調整數”或“沖減運保傭”字樣,商品代碼按出口貨物錄入，出口數量不錄，出口銷售額美元須錄入。注意“單證不齊標志”錄入一律為空（表示視同當期出口當期收齊并參予當期免抵退稅的計算，此筆記錄以后不用再申報處理了）。
當期出口當期收齊（一般因為無信息或未取得單證原件，不大可能做到），也在“出口貨物明細申報錄入”菜單操作，注意“單證不齊標志”錄入一律為空。若預審發現無信息，先作“撤銷已申報數據”；再點擊“出口貨物明細申報錄入”，點擊“修改”，將“單證不齊標志BH”加上，保存即可。
由以上基礎數據生成的表是“生產企業出口貨物免抵退稅申報明細表（√）出口貨物”，由系統自動生成，無須錄入，無須修改。
注意本環節相關會計核算的要求：生產企業出口貨物的退稅稅率與征稅稅率不一致的，應在日常核算時與出口銷售額同步制作進項稅額轉出的會計分錄，并在增值稅納稅申報表附表（二）18欄反映。
進項稅額轉出計算公式：
免抵退銷售額*征退稅率差-上期結轉不免抵減額-本期不免抵扣抵減額＝A
1、當A＞0時，A為本期“不得（免）抵扣稅額”數據，據此作進項稅額轉出會計處理（正確的做法）；如不作進項稅額轉出會計處理（為錯誤的做法），會造成與免抵退稅申報匯總表相關內容不同步；。
2、當A<0時，A為“結轉下期不免抵減額”數據 ，不作進項稅額轉出會計處理（正確的做法）；如按負數全部作進項稅額轉出會計處理，為（錯誤的做法），會造成與免抵退稅申報匯總表相關內容不同步；
出口企業當期單證不齊免抵退銷售額小于（海運費＋退運＋其他為負數的當期賬面調整數＋辦理進料加工貿易免稅證明）時，應按上述“正確的做法”進行會計處理。使企業的賬面、《增值稅納稅申報表》附表（二）18欄、免抵退稅申報系統錄入的《增值稅納稅申報表》、免抵退稅申報系統自動產生的免抵退稅申報匯總表、退稅機關審核系統的電子《增值稅納稅申報表》、退稅機關審核系統的免抵退稅申報匯總表相關內容保持同步。
根據免抵退稅申報審核系統的特點，在一個會計月份內，若進項稅額轉出總合計為負數時，一般不作會計分錄，其負差留待下月在進項稅額轉出中繼續抵減。
二、確定的當期（注意：指申報所屬期，如2006年01月，下同）出口銷售額是否正確的復核方法
在基礎數據采集時，因錄入匯率與記賬匯率尾數（賬應當是對的）不一致，形成當期出口銷售額大于或小于賬面出口銷售額的差額部分，可先在申報系統“撤消已申報數據”，找一條記錄直接修改人民幣金額，保存即可。
確定的出口銷售額是否正確的一般復核公式：“生產企業出口貨物免抵退稅申報明細表（√） 出口貨物”12欄合計數=當期賬面出口銷售額 =當期增值稅納稅申報表第7欄本月數
三、確定前期出口當期收齊退稅單證銷售額
完成當期出口業務的錄入操作后，就可以對收齊前期的出口單證進行操作了。根據前期出口（注意：指申報所屬期以前月份已向退稅機關辦理了單證不齊免抵退稅申報的出口業務，如200601、200611等，下同）的外銷發票收集對應的報關單、核銷單、代理出口貨物證明（僅代理的提供），然后，按以下兩個原則處理：A、同一筆業務只能選擇其中一種操作方式；B、必須符合操作的條件。
1. 采用直接收齊（前期）出口單證明細錄入操作。采用本操作的條件是：前期出口當期收齊退稅單證與原不齊申報相比，未發生變化或僅報關單號、核銷單號、代理出口貨物證明號發生變化（含虛擬變真實）。方法：點擊基礎數據采集－“收齊出口單證明細錄入”、再點擊“修改”，所屬期由系統自動生成，錄入序號；修改報關單號、核銷單號、代理出口貨物證明號。
由以上基礎數據生成的表是“生產企業出口貨物免抵退稅申報明細表（√）收齊單證”，由系統自動生成，無須錄入，無須修改。
2.采用沖減、重新錄入二步法操作：前期出口當期收齊退稅單證的，與原不齊申報相比，出口日期、商品代碼、數量、金額等主要內容發生變化的，或者原不齊時虛擬的報關單只有一個項號（1條）但收齊的真實報關單上有一個以上項號（多條）的，以及代理證明無信息需要人工挑過的，必須采用本操作；前期出口當期收齊退稅單證的，與原不齊申報相比，主要內容未發生變化的也可采用本操作。本操作方法的優點：一旦預審或正式申報發現無信息、有錯誤，可以方便地返回修改；沒有錯誤的，與在“收齊出口單證明細錄入”中點擊“修改”操作的結果完全相同。因此，它既是一種通用錄入法，又是一種安全錄入法。
操作步驟如下：
第一步：點擊基礎數據采集－“生成出口貨物沖減明細”，找到該條記錄，點擊紅色按鈕“沖減出口”，找到“√是否先收齊單證再做沖減”， 單擊其左邊的小方框，將√去掉，變成“□是否先收齊單證再做沖減”－這是核心步驟！否則，申報后在審核系統將無法通過，肯定要返工。
第二步：點擊基礎數據采集－“出口貨物明細申報錄入”，再點擊“增加”，錄入正確數據，其“單證不齊標志”須為空（表示視同當期出口當期收齊）。
3.特殊原因采用沖減一步法操作：前期出口逾期未申報等原因需要轉作征稅的，要在當期進行負數沖減時，可以通過此功能自動生成相應的沖減記錄。
以上通過“一”或者“一”與“三”的操作，點擊“免抵退