如果通過正常繳納關稅來代購，完全合法。如果代購過程中違反法律規定、逃避了海關監管、偷逃關稅，則不論采取何種方式，都屬于違法行為。
根據藥品管理法中的相關規定：
第七十四條生產、銷售劣藥的，沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，并處違法生產、銷售藥品貨值金額一倍以上三倍以下的罰款；情節嚴重的，責令停產、停業整頓或者撤銷藥品批準證明文件、吊銷《藥品生產許可證》、《藥品經營許可證》或者《醫療機構制劑許可證》；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第七十五條從事生產、銷售假藥及生產、銷售劣藥情節嚴重的企業或者其他單位，其直接負責的主管人員和其他直接責任人員十年內不得從事藥品生產、經營活動。
法律分析：無論是個人自用，還是代購銷售，只要接受相關部門的監管，并取得《進口藥品注冊證》，且通過正常繳納關稅來代購，完全合法。如果代購過程中違反法律規定、逃避了海關監管、偷逃關稅，則不論采取何種方式，都屬于違法行為。
法律依據：《中華人民共和國藥品管理法》 第三十九條 藥品進口，須經國務院藥品監督管理部門組織審查，經審查確認符合質量標準、安全有效的，方可批準進口，并發給進口藥品注冊證書。醫療單位臨床急需或者個人自用進口的少量藥品，按照國家有關規定辦理進口手續。
代購藥品違法。
開辦藥品經營企業必須具備以下條件：
1、具有資格認定的藥學技術人員；
2、具有與所經營藥品相適應的營業場所、設備、倉儲設施、衛生環境；
3、具有與所經營藥品相適應的質量管理機構或者人員；
4、具有保證所經營藥品質量的規章制度。
藥品須經國務院藥品監督管理部門組織審查，經審查確認符合質量標準、安全有效的，方可批準進口，并發給進口藥品注冊證書。
醫療單位臨床急需或者個人自用進口的少量藥品，按照國家有關規定辦理進口手續。
《中華人民共和國藥品管理法》第二十八條 藥品應當符合國家藥品標準。經國務院藥品監督管理部門核準的藥品質量標準高于國家藥品標準的，按照經核準的藥品質量標準執行；沒有國家藥品標準的，應當符合經核準的藥品質量標準。
國務院藥品監督管理部門頒布的《中華人民共和國藥典》和藥品標準為國家藥品標準。
國務院藥品監督管理部門會同國務院衛生健康主管部門組織藥典委員會，負責國家藥品標準的制定和修訂。
國務院藥品監督管理部門設置或者指定的藥品檢驗機構負責標定國家藥品標準品、對照品。
《中華人民共和國藥品管理法》第三十二條 藥品上市許可持有人可以自行生產藥品，也可以委托藥品生產企業生產。藥品上市許可持有人自行生產藥品的，應當依照本法規定取得藥品生產許可證；委托生產的，應當委托符合條件的藥品生產企業。藥品上市許可持有人和受托生產企業應當簽訂委托協議和質量協議，并嚴格履行協議約定的義務。國務院藥品監督管理部門制定藥品委托生產質量協議指南，指導、監督藥品上市許可持有人和受托生產企業履行藥品質量保證義務。
血液制品、麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、藥品類易制毒化學品不得委托生產；但是，國務院藥品監督管理部門另有規定的除外。
代購藥品是否違法應根據實際情況而定。具體分析有：代購因方便和優惠而流行，護膚品、食品、服飾等，通過代購可以買到其他地區的產品或者以低于本地區的價格購入。海外代購管制藥品，如果管制的藥品是形成癮癖的麻醉藥品和精神藥品，就會構成走私毒品罪，要依據犯罪情節判刑。
走私毒品罪構成要件
（1）走私毒品罪的犯罪客體是國家對毒品的管理制度和人民的生命健康。
（2）走私毒品罪的客觀方面表現為行為人實施了違反毒品管制法規和海關法規，逃避海關監管，非法運輸、攜帶、郵寄毒品進出國（邊）境等行為。
（3）走私毒品罪的犯罪主體既包括自然人也包括單位。
達到了刑事年齡，具有刑事責任能力的人，不論是我國公民，還是外國人，原則上都可成為該罪的主體。
（4）走私毒品罪的主觀方面表現為故意，且是直接故意，即明知走私的物品是毒品，且實施走私的行為，過失不構成本罪。
法律依據：《中華人民共和國刑法》第三百四十七條
【走私、販賣、運輸、制造毒品罪】走私、販賣、運輸、制造毒品，無論數量多少，都應當追究刑事責任，予以刑事處罰。
走私、販賣、運輸、制造毒品，有下列情形之一的，處十五年有期徒刑、無期徒刑或者死刑，并處沒收財產：
（一）走私、販賣、運輸、制造鴉片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品數量大的；
（二）走私、販賣、運輸、制造毒品集團的首要分子；
（三）武裝掩護走私、販賣、運輸、制造毒品的；
（四）以暴力抗拒檢查、拘留、逮捕，情節嚴重的；
（五）參與有組織的國際販毒活動的。
走私、販賣、運輸、制造鴉片二百克以上不滿一千克、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上不滿五十克或者其他毒品數量較大的，處七年以上有期徒刑，并處罰金。
走私、販賣、運輸、制造鴉片不滿二百克、海洛因或者甲基苯丙胺不滿十克或者其他少量毒品的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并處罰金；情節嚴重的，處三年以上七年以下有期徒刑，并處罰金。
單位犯第二款、第三款、第四款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照各該款的規定處罰。
利用、教唆未成年人走私、販賣、運輸、制造毒品，或者向未成年人出售毒品的，從重處罰。
對多次走私、販賣、運輸、制造毒品，未經處理的，毒品數量累計計算。
從日本代購藥品回國違法
對于自用的藥品，法律規定可以自行購買，如果是代購藥品，到了國內有銷售行為的，根據藥品管理法第五十一條第一款、第九十八條第四款規定，具有雙重危害性，倒賣者被罰款乃至入獄，而購買者可能面臨藥物副作用乃至更大風險
法律分析：屬于違法經營，代購藥品是違法的。如果代購過程中違反了法律規定、逃避了海關監管、偷逃關稅。偷稅漏稅在我國是違法行為，只要是涉及到偷稅漏稅不論采取何種方式，都屬于違法行為。如果是個人需要自用進口的少量藥品，可以按照國家有關規定辦理進口手續。
法律依據：《中華人民共和國藥品管理法》第五十二條 從事藥品經營活動應當具備以下條件：（一）有依法經過資格認定的藥師或者其他藥學技術人員；（二）有與所經營藥品相適應的營業場所、設備、倉儲設施和衛生環境；（三）有與所經營藥品相適應的質量管理機構或者人員；（四）有保證藥品質量的規章制度，并符合國務院藥品監督管理部門依據本法制定的藥品經營質量管理規范要求。