段是孫露成為首相的南明隆武朝時期，實驗地擴展為整個長江以南地區。可以說小說設置了滿漢劃江而治這個布局，既是出于戰爭實際的考慮，也是出于政治改革的需要，因為按照作者的設想，以南明的人口規模、土地資源、經濟基礎最適合完成資本主義體制變革。而外敵虎視眈眈的戰亂局面反而有利于主角的政治改革，一方面她以軍功獲取民意支持，另一方面以儒家三世理論中的“據亂世”來為變法做辯護，最終得到了江南士林的默認。最重要的是，戰亂使得明王朝本身實力衰弱，無力與正在壯大中的新興資產階級相抗衡，同時大批淪陷后被收復的土地上，議會先于官府而設立，又使議會具有了名正言順監督官府的先天優勢。這一時期的政治變革是以孫露為首的財閥勢力自下而上推導的，是經濟基礎決定上層建筑的表現。但戰亂也使隆武內閣具有一定的軍政府色彩。
第三階段是整個下卷，中華朝的建立最終選擇了君主立憲模式下的開明專制主義，而且小說還假借后世學者之口將這種統治模式評價為“偽立憲絕對主義”，因為文中無論議會還是《憲誥》都充斥了大量的封建殘余。看起來孫露的理想被舊世界所改變了，但這種改變如同小說中后裝式燧發火槍倒退回前裝式一樣，具有某種現實依據，火槍的倒退是因為工藝水平的局限，而政治體制的妥協則是因為文化思想的局限。世上沒有完美的制度，只有最適合現實情況的制度，軍管模式、蘇聯式的集體農莊模式都曾經在小說的特定時期特定地區占據過一席之地。此外小說通過顧炎武赴歐考察的方式描繪了西歐諸國當時的議會模式，也點明了世界范圍內民主進程所停留的初級水平，中華憲誥的藍本英國《大憲章》亦遠非后世想象中的完美，而同樣是時代認識和妥協下的產物。這一階段，議會民主下的兩黨制逐漸走向成熟，開始主導政局，而作為女皇的主角刻意被塑造為完美的政治偶像，一方面不排除作者對自己主角的圣人化傾向，但從另一個角度看，又體現了作者自己對君主立憲制度的理解，完美的君王充當偶像符號，給民眾以思想慰藉，而手握實權的內閣承擔責任和義務，給民眾以實際的利益。但在小說的“現實”中，立憲仍然是孫露自上而下的主導，而非議會自下而上主動爭取的結果，作為君主的主角仍然大權在握，所以這里的君主立憲遠非現代意義的民主制度，而仍然屬于專制主義下的一點進步。此處君王的虛化是作為穿越人的主角自覺的行為，在主角個人這里，權力對人的誘惑敗給了心懷遠大目標的自我滿足感，這種設置無疑帶有強烈的理想主義色彩，但也不無現實可能性綜觀以上四大支柱，重商主義、軍事實力、海外殖民、議會民主，作者締造的南明和中華朝擁有新教傾向這是不爭的事實，當然這種傾向來源于主角的自覺意識，而主角的這種傾向顯然來自于“后世那個脫胎于新教幾乎只手遮天的國家”。南橘北枳的故事直到今天都是爭論的話題，《命運的抉擇》也不能例外，因此關于西方文明與中華傳統文化的沖突與斗爭、妥協與調和，也是貫穿小說始終的重要內容。
沖突的第一個層面屬技術性矛盾，如小說中的“桑稻之爭”一段，孫露出于對英國“圈地運動”歷史進步意義的強烈印象，默許財閥集團大搞“桑爭稻田”、“棉爭糧田”，以圖促進資本主義勞動力市場的形成，但卻忽視了中國與英國耕作方式和農業結構的不同，結果不但沒能使農村勞動力流入市場，反而半桑半稻的耕作方式吸引了大量勞動力回流農村，束縛勞動力的同時還使糧食大量減產。相似的歷史背景下出現性質相似的歷史事件，僅僅由于中西的農業結構不同，所產生的結果卻迥然有異，這的確是一個很有趣的例子。
技術層面的問題易于解決，文化層面的沖突就難以調和。后者又表現為兩個層次，一是變法者與士林的矛盾，作者顯然對以東林黨人為代表的傳統文人在這一歷史時期的表現不甚滿意，因此小說的解決之道首先就是將這種沖突置于民族存亡的危機關頭，使得見效迅速的實利主義和尚武精神在這場沖突中處于先天的優勢地位，面對淪喪的國土和受難的百姓，三綱五常就顯得不合時宜，固守禮法也似乎有些荒謬可笑，而這也是十九世紀末二十世紀初的歷史所證明了的。但是當“據亂世”進入“升平世”以后，繼續與儒林對抗就變得比較艱難也不明智了，這時的解決辦法是在士林中尋找自己的志同道合者為代言人，小說主要利用了當時中國本土自發的民主思潮，即是以“明末三大思想家”顧炎武、黃宗羲、王夫之為代表的土生土長的初級民主思想，以爭取民主理念的本土化；其次是營造“百家爭鳴”的氛圍，具體說來就是廣東云山學派以及陽明學的泰州學派的“契約說”與江南儒林東林黨的“巨靈說”之爭；然后則是利用“上位者”的權力進行引導，其理論依據是說儒家原本只講倫理道德，對于宇宙萬物的本原并沒有自己的解釋，歷代經學、理學、心學等都是利用別的學說對儒學進行的補充，所以儒家的“萬世法”本身是無形的，真正決定其形狀的是上位者的心思，上位者所好為何，儒學就可以隨勢而變。顯然這種對儒學的看法也從某種程度上反映了作者對主義之爭的輕蔑和實用主義心態。
第二個層次的文化沖突是更深層的外來模式與本土文化積淀的不融合，也就是我們現在常說的普世價值如何適應中國特色。民主意識如果不能真正扎根于民眾心中，那么移植自西方的議會制度就只能是一個沒有靈魂的軀殼。而“天賦人權”這些本不屬于這個國家這個時代的思想要想在這片專制的土地上發芽是何其困難，西方幾百年才發展出的文明理念要想在小說幾十年的時間跨度中在中國文化中扎根更是不可能完成的任務。但就算如此，小說依然要堅定不移的制造那個“軀殼”，或許現在這個“軀殼”并沒有“高貴的靈魂”，但只要有“原始的欲望”就行，因為這就像泡功夫茶，第一杯雖然是不喝的，卻可以洗茶留香，而這也就足以完成穿越人的“歷史使命”了。另一方面，小說在大量沿用西方民主模式的同時，還是花了很多心思結合中國自身的傳統思想文化，典型的如《憲誥》的思想基礎，盡管《弘武憲誥》是以英國《大憲章》為借鑒，但在立憲精神上卻沒有照搬英國自由主義思想中的“天賦人權”至上的立憲精神，而是選擇了“民為邦本，本固邦寧”、也即“社稷為重，民次之，君為輕”的國家主義立憲精神，這就使得中華朝的立國原則帶上了濃厚的儒家色彩，而這有可能更符合彼時中國的文化思潮。其實小說下卷中還隱含了第三個層次的沖突，那就是西方文明本身的弊病所產生的問題，對此主角因為失去了歷史的借鑒，所以只能摸著石頭過河。西方文明的弊病是否可以由東方文明來“拯救”？小說提出了問題但并沒有給出答案。
《命運的抉擇》堪稱網絡小說中的鴻篇巨制，計有三百余萬字，其中有名有姓的歷史人物不下百人；本文六千余言，算是對自己喜愛的此文的一種支持