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1998年1月深航榮獲深圳市運輸局頒發的“一九九七年度交通郵電系統先進單位”稱號
1998年3月深航榮獲中國民用航空中南管理局頒發的1997年中南地區機務系統“0事故征候”活動先進單位
1998年3月深航榮獲深圳市運輸局頒發的“一九九七年度深圳市交通運輸行業安全生產先進單位”
1998年3月深航榮獲深圳市公安局頒發的“一九九七年度內保系統先進保衛組織”獎
1998年4月深航榮獲廣東省總工會 廣東省職工職業道德建設領導小組授予的“一九九七年廣東省職工職業道德建設先進集體”稱號
1998年6月18日 深航榮獲中國民航協會用戶工作委員會 全國民航青年志愿者協會《中國民航》雜志頒發的“97旅客話民航”用戶評價第一名
1998年11月30日 深航客艙服務部（現乘務部）獲得了中國方圓標志認證委員會認證中心頒發的“空中服務” GB/T19002：94----ISO9002：94標準質量認證證書
1998年12月深航榮獲深圳市紅十字會頒發的“一九九八年抗洪救災中賑災工作成績顯著”榮譽證書
1999年1月深航榮獲深圳市運輸局頒發的“一九九八年度交通郵電系統先進單位”稱號
1999年3月深航榮獲深圳市公安局頒發的“一九九八年度先進保衛組織”
1999年3月深航榮獲深圳運輸局頒發的“一九九八年度深圳市交通郵電行業安全生產先進單位”稱號
1999年3月深航榮獲深圳市人民政府頒發的“一九九七----一九九八年度安全管理先進集體”稱號
1999年3月深航榮獲中共深圳市寶安區委員會 深圳市寶安區人民政府頒發的“一九九八年度社會治安綜合治理先進集體”稱號
1999年3月深航乘務大隊被深圳市總工會評為“深圳市女職工文明崗”
1999年6月深航榮獲中國民航協會用戶工作委員會頒發的“九八旅客話民航”用戶評價第一名證書
1999年6月深航榮獲中國民航協會用戶工作委員會頒發的“九六----九八旅客話民航”用戶評價“三連冠”證書
1999年6月深航榮獲全國用戶滿意聯合推進辦公室頒發的“九八全國實施用戶滿意工程先進單位”證書
1999年7月22日 深航被中華全國總工會 全國職工職業道德建設指導協調小組評為“第五屆全國職工職業道德十佳單位”(榜首)
1999年9月深航榮獲中共廣東省委 廣東省人民政府頒發的“廣東省文明窗口”證書
1999年9月深航4G823/4航班被中央精神文明建設指導委員會評為“全國創建文明行業工作先進單位”
1999年11月深航榮獲中共深圳市委 深圳市人民政府頒發的“深圳市第五屆文明單位”證書
2000年2月深航榮獲中共深圳市寶安區委員會 深圳市寶安區人民政府頒發的“一九九九年度寶安區社會治安綜合治理先進集體稱號”的證書
2000年6月深航連續第四年榮獲中國民航協會用戶工作委員會頒發的“99旅客話民航”用戶評價第一名
2000年 深航乘務大隊被深圳市婦女聯合會評為深圳市“巾幗文明示范崗”
2001年1月深航機上雜志《深圳航空》被廣東企業文化協會、廣東省新聞學會評為“2000年度最佳企業報刊”
2001年 深航榮獲第二界全國民航B737機型青年崗位能手技能運動會“優秀獎”
2001年3月深航榮獲深圳運輸局頒發的“二○○○年度深圳市交通郵電行業安全生產先進單位”稱號
2001年3月深航維修工程部獲得中國民用航空中南管理局頒發的二00一年民航中南地區“爭當優秀機務人”活動先進單位
2001年8月10日 深航貨運公司燕南路營業部被深圳市團委評為“深圳市青年文明號”（銅牌獎）
2001年10月深航連續第五年榮獲中國民航協會用戶工作委員會頒發的“全國旅客話民航”用戶評價第一名
2002年5月深航團委被駐深團工委授予駐深單位“2000----2002年度五.四紅旗團委”稱號
2002年5月深航乘務部團支部被共青團深圳市委駐深工委評為“2000----2002年度五.四紅旗團（總）支部”
2002年5月深航維修工程部外場中隊、商務部機場辦被駐深團工委授予“青年文明號”稱號
2002年8月深航乘務部獲得了北京市中航哈佛德質量認證有限公司頒發的“航空運輸空中服務” GB/T19001-2000 idt ISO9001：2000標準質量認證證書
2002年12月深航榮獲中國民航協會用戶工作委員會頒發的“全國旅客話民航”活動（1993-2002）先進企業金獎
2003年1月深航南寧分公司被南寧市高新技術產業開發區管理委員會授予“南寧高新區二○○二年度企業生產經營成績突出的企業領導班子”
2003年3月深航榮獲深圳市交通局頒發的“二○○二年度深圳市交通運輸系統安全生產先進單位”
2003年3月深航維修工程部外場中隊榮獲駐深單位二○○二年度“十佳青年文明號”稱號
2003年3月深航榮獲深圳市交通局頒發的“二○○三年度深圳市春運工作先進單位”
2003年4月深航被廣東省委 省政府評為“廣東省先進企業”
2003年5月深航貨運公司燕南路營業部被團中央、民航總局團委授予全國“青年文明號”稱號
2003年8月深航被評為深圳市抗非典先進單位
2003年12月深航機務外場中隊被評為深圳市青年文明號
2003年 深航被評為深圳市守法納稅大戶
2004年2月深航被評為二○○三年度深圳交通系統先進單位，商務部、飛行部被評為深圳交通系統先進集體
2004年2月深航工會被評為二○○三年度深圳市工會重點工作先進單位
2004年4月深航國旅、商務金鵬俱樂部榮獲駐深單位青年文明號
2004年7月 深航團委被評為十年全國青年文明號活動優秀組織獎
2005年1月 公司工會被深圳市工交工會授予2004年工會重點工作考核先進單位稱號
2005年2月 公司工貿公司95080呼叫中心被中國民航工會評為2004年度民航系統女職工建功立業示范崗
2005年2月 公司榮獲深圳市交通局頒發的“深圳市交通系統2004年度先進單位”稱號，公司乘務部、地面服務部榮獲“深圳市交通系統2004年度先進集體”稱號
2005年2月 在“2004旅客話民航”用戶滿意評價活動中，公司在旅客運輸量1500萬人以下組中，獲得“用戶滿意優質獎”和單項獎中的“航班不正常服務優秀獎”
2005年3月 公司在中華全國總工會和國家安全生產監督管理總局舉辦的2004年度全國安康杯競賽活動中榮獲優勝企業
2005年3月 公司被深圳市人民政府辦公廳評為“深圳市2005年度春運工作先進集體”
2005年3月 深航貨運有限公司被深圳市交通局、深圳市港務管理局評為2004年度深圳市交通系統先進集體光榮稱號
2005年7月 深航國旅在2004年市旅游統計“百分制”評比活動中獲得第五名的優異成績
2005年8月 公司總會計師謝云雙同志被深圳市財政局評為先進會計工作者
2005年9月 公司被民航總局規劃發展財務司評為民航機場管理建設費征收與清算工作先進單位
2006年1月 公司在2005年度旅客話民航活動中獲得旅客運輸量1500萬人次”用戶滿意優質獎”
2006年1月 在2005年度民航“旅客話民航”用戶評價活動中,公司繼2004年后再次喜獲“用戶滿意優質獎”榮譽
2006年1月 深航錦江國際酒店餐飲部獲得錦江國際酒店管理公司2005年度年終獎項最佳服務獎
2006年1月 深航大連營業部于2004年、2005年連續兩年被大連工商行政管理局評為“免檢企業”的光榮稱號，并授予牌匾
2006年2月 公司被深圳海關、深圳市貿易工業局評為《深圳海關客戶協調員制度企業》
2006年3月 深航貨運公司獲得“深圳市十大最具成長型物流企業”稱號
2006年5月 深航國旅團支部被深圳市駐深單位團工委評為“2005年度深圳市五四紅旗團支部”榮譽稱號
2006年6月 公司被中華全國總工會、國家安全生產監督管理總局授予2005年度全國“安康杯”競賽優勝企業稱號
2006年7月 公司足球隊獲2006深圳模擬世界杯“體育道德風尚獎”稱號
2006年7月 深航國旅在2005年深圳市旅游統計“百分制”評比中榮獲第三名的優異成績
2006年8月 深航貨運公司獲得第二屆深圳機場物流園“美邦杯”羽毛球聯誼賽亞軍
2006年9月 深航錦江國際酒店喜獲綠色酒店稱號
2006年10月 公司乒乓球代表隊勇奪第三屆“空港杯”團體友誼賽女子冠軍、男子季軍
2006年11月 公司籃球隊榮獲“中國民航第二屆職工籃球賽”優秀組織獎
2006年12月 繼連續八年被評為全國民航“旅客話民航”第一名后，深航在全國滿意服務評選中再次獲得2006年“全國用戶滿意服務”獎
2006年12月 公司榮獲亞太航空中心年度最佳經營優秀獎
2006年12月 我公司在2005-2006年度交通郵電系統統計”百分制”考核評比中獲一等獎
2006年12月 公司副董事長、總裁李昆被《世界經理人》周刊及其獨立的評選委員會授予“2006中國經濟年度風云人物”榮譽稱號
2007年1月 公司榮獲海口市人民政府組織的2006年度國內航空運營商表彰
2007年3月 公司榮獲交通局頒發的春運“先進單位”稱號
2007年4月 公司總會計師謝云雙榮膺“2006中國CFO十大年度人物”
2007年4月 公司計財部被授予“全國民航先進集體”稱號
2007年4月 公司榮獲“深圳市企業安全文化建設示范單位”稱號
2007年5月 公司工會職工之家獲深圳市“先進職工之家”榮譽稱號，維修工程部榮獲深圳市群眾性經濟技術創新“示范崗”稱號，計財部榮獲2005-2006年度“深圳市工會財務先進單位”稱號
2007年 李昆總裁作為唯一的航空界代表榮獲了“2006年度深圳物流屆十大風云人物”稱號
2007年9月 深航羅盤管理榮獲首屆《哈佛商業評論》金獎
2007年9月 深航榮獲2007年度深圳市市長質量獎
2008年4月 深航榮膺國際“五星鉆石獎”
2008年4月 公司榮獲“深圳市知名品牌”稱號
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