費的總投入中，80年代官方投入占60%以上，民間占不到4O％；9O年代民間投入相對增加，官方與民間仍各占一半左右。目前,科技研究體系主要由科技行政部門以及公營企業所屬的研究機構、專門的財團法人研究礬構、各大學及民間企業所屬的研究機構組成。

從科技研究的分工看，基礎研究主要由“中央研究院”及各高等院校承擔，應用科技研究主要由工業技術研究院及各科技行政部門所屬的研究機構承擔，軍事科技由中山科學研究院負責，科技成果的商品化和市場化則由企業承擔。

盡管8O年代以來臺灣科技發展取得較快進步，但受限于經濟規模、企業結構及人才等因素，在總體上與發達國家相比仍然有很大差距，甚至也落后于同等經濟發展水平的韓國。如臺灣科技經費總投入僅為韓國的一半。總體研究發展水平的落后，使目前臺灣高新技術產業在關鍵技術、關鍵零部件等方面都嚴重依賴日本和美國；多半臺灣廠商的生產技術仍然依靠引進。信息、半導體等產業雖然發展較快，但由于缺乏自己的關鍵技術，大多只能采取受委托加工制造方式，利潤大多由掌握關鍵技術與零部件的外國廠商抽走。