舉中工黨曾經承諾將會大為改善以色列的國內治安和與阿拉伯國家的關系。到了1993年底，以色列政府拋棄了1991年的馬德里協議框架，改與巴解簽訂哈馬斯武裝團體的頻繁攻擊，協議受到的支持也開始大量減少。在1995年11月4日，拉賓遭到一名極端的以色列民族主義者刺殺。

由于拉賓的遇刺，大眾對于奧斯陸協議的觀感也稍有好轉，大為提升了西蒙·佩雷斯的支持度，使他贏得了1996年的大選。不過，新的一波自殺炸彈攻勢加上阿拉法特贊美炸彈客的聲明，使得公眾輿論再次扭轉，并且在1996年5月輸給了聯合黨的本雅明·內塔尼亞胡。

雖然內塔尼亞胡被視為是奧斯陸協議的堅定反對者，他仍然決定從希伯倫（Hebron）撤軍，并且簽下了懷伊備忘錄（Wye River Memoranm），給予巴勒斯坦民族權力機構更大的自治權力。在內塔尼亞胡任內巴勒斯坦團體對以色列平民的襲擊活動大為減少，然而他的聯合政府仍然在1999年垮臺。在1999年選舉中工黨的埃胡德·巴拉克以大幅票數差距擊敗內塔尼亞胡而繼任總理。

2000年后

伊拉克在2000年決定單邊的從黎巴嫩撤軍，這次撤軍也是為了阻撓真主黨對以色列的攻擊，迫使他們不得不跨越以色列邊界才能發動攻擊。巴拉克和亞西爾·阿拉法特曾在美國總統比爾·克林頓的斡旋下于2000年在戴維營進行協商，然而協商最后失敗了，巴拉克提出的條件是一個由73%西岸地區和100%加沙地帶組成的巴勒斯坦國家，并且在10至25年時間內將西岸地區的巴勒斯坦領域擴展至90%（排除耶路撒冷郊區則是94%），但阿拉法特拒絕這個提議。

2003年6月4日，在喬治·沃克·布什主持下，巴勒斯坦權力機構主席馬赫姆得·阿巴斯和以色列前總理沙龍于約旦相會。在談判破裂后，巴勒斯坦開始了第二次的暴動，被稱為阿克薩群眾起義，暴動開始的時間就發生在以色列反對派領袖艾里爾·沙龍訪問耶路撒冷圣殿山（Temple Mount）之后不久。協商的失敗以及新戰爭的爆發使得許多以色列人對巴拉克政府感到失望，并且也使和平協議的支持度大減。

在一場總理的特別選舉后，艾里爾·沙龍在2001年3月成為了新的總理，稍后又在2003年的選舉中當選了連任。沙龍開始從加沙地帶進行單邊的撤軍，這次撤軍在2005年8月至9月間實行完成。

以色列也在西岸地區建立了圍墻，目的是為了保護以色列免遭武裝巴勒斯坦團體的攻擊。為了建立長達681公里的圍墻，接近圍墻的緩沖地區也連帶的減少了9.5%的西岸地區面積，使得巴勒斯坦居民的經濟狀況遭遇困難。圍墻的建立遭致了國際間的許多批評，也遭到一些以色列極左派的批評，不過，圍墻的確有效的減少了對以色列平民的攻擊事件。

在艾里爾·沙龍嚴重中風之后，總理權力轉移給了艾胡德·奧爾默特。在2006年4月14日，在前進黨贏得了大選后，奧爾默特當選為以色列總理。奧爾默特的前進黨也在2006年的2006年的選舉中贏得了多數派席位。

在2006年6月28日，哈瑪斯的民兵部隊從加沙地帶挖地道潛入以色列境內攻擊以色列國防軍的據點，俘虜了一名以色列士兵必且殺害了其他兩名。以色列對此展開了夏雨行動，大量轟炸哈瑪斯目標以及其他橋梁、道路、以及發電站。以色列也派軍占領此地區。

2006年6月13日爆發的以黎沖突發生在以色列北部和黎巴嫩地區，主要是介于真主黨和以色列之間的沖突。沖突始于真主黨之前在一次跨越邊界的襲擊行動中殺害了八名以色列士兵并且俘虜其他兩名，以色列認為黎巴嫩政府必須對這次攻擊負起責任，因此從海上和空中對黎巴嫩展開轟炸，并且進軍黎巴嫩南部。真主黨繼續使用火箭攻擊以色列北部，并且以游擊隊的打帶跑戰術襲擊以色列軍隊。最后以色列在2006年8月14日達成一則停火令。這場沖突殺害了一千名黎巴嫩平民、440名真主黨民兵、以及119名以色列士兵，也對黎巴嫩城市的基礎建設造成了龐大損害。

2008年12月28日 以色列戰機和武裝直升機27日對哈馬斯控制的加沙地帶發動了大規模空襲，巴勒斯坦伊斯蘭抵抗運動(哈馬斯)則對以色列發射遠程火箭彈報復。

這次空襲是自1967年中東戰爭以來，以軍襲擊所造成的巴勒斯坦人單日死亡人數最多的一次。造成310人死亡，另有1400余人受傷。以外長利夫尼表示，選在這個時候痛擊哈馬斯的原因很簡單，因為哈馬斯違反半年前的停火協議，幾乎每天以火箭、迫擊炮攻擊以色列平民，令以色列無法再忍受。