直接掌管農民，征收租稅，向上則承擔各種公役和軍役，如修建工程，戰時組織軍事力量等。
這樣，將軍通過領地的分封與俸祿的提供，與各地大名、武士結成牢固的君臣、主從關系，大名及其下屬武士、家來則向將軍宣誓效忠，并擔負一定的義務。大名與其下屬也結成相似的關系。因此，全國大名雖然呈現割據狀態，但由于將軍及幕府的絕對支配地位，幕藩體制安全運行了兩個半世紀。
為進一步牢固幕藩體制，幕府頒布了一系列法令，如前述的《禁中及公家諸法度》，限制皇室的權利及活動范圍，同時對大名及武士也實行嚴格控制。1615年，幕府頒布的《武家諸法令》，規定了大名及武士階層的活動準則及對幕府的義務。《武家諸法度》共分13條，內容包括大名、武士的生活規范，如服制、乘輿制度、婚姻制度等；生活方式如勤儉、禁止群游群飲、修煉“文武馬弓之道”等；對上義務方面，首先是要定期到江戶參見將軍，其次不可隱瞞包庇任何有違于幕府法制的行為與人，禁止修繕新城等。《武家諸法度》要求各地大名與武士嚴格遵守，若有違反，就要被處以幽禁、沒收領地，甚至賜死。
1635年，三代將軍德川家光時期，幕府任命名儒林羅山主持，對慶長版《武家諸法度》進行了修改與補充，將原有的13條法規擴充為19條，并進一步規范了大名的義務。特別是嚴格規定各地大名、小名必須隔年到江戶拜見將軍，即一年駐守領地，一年執勤幕府，回領地期間大名的妻子留在江戶作為人質，這就是著名的“參觀交代”制度。“參觀交代”制度一方面限制了大名的政治活動，一方面由于參觀的巨大開支，牽制了大名的財力，削弱了大名對幕府的抵抗。幕府由此加強了對大名的控制，進一步鞏固了其統治地位。
幕府實行幕藩體制的統治方式，其根本支柱是嚴格的不可僭越的等級身份制度。為實現少數武士對人口占大多數的農民及“町人”的統治，所謂“士農工商”的身分區別被不斷強化并固定下來。“士”指武士階層，“農”指農民，“工”、“商”差別不大，指商人與手工業者，他們被統稱為“町人”。在這四個階層中，武士的地位高高在上，他們修習武藝與學問，佩戴雙刀，一把用于殺敵，一把用于自裁（剖腹）。假如農民與“町人”有“犯上”的行為，武士有權不經過上級而直接將他殺死。與武士相反，農民、“町人”等平民的地位相當底下。幕府對農民的勞作與生活的方方面面都有嚴格的規定，極力詐取其全部的剩余勞動；由于幕府“重農輕商”政策的限制，“町人”的活動也受到多方限制。平民不能象武士那樣擁有姓氏，遇到大名出行等場合，必須伏地跪拜，不能抬頭。另外，在各階層內的等級制度也十分嚴格，如武士又分為“侍”、“徒”、“中間”等級別，徒以下的武士遇到上級，也應伏拜路旁。農民中有“持高”農民與“無高”農民之分；町人也有復雜的門第與身分差別。在四民之下的還有穢多、非人，他們處在社會的最底層。
統治階級中的皇族、公家、僧侶與神官不屬于四民之列。
幕府就是這樣嚴格地鑄造起等級身份制度的銅墻鐵壁，以保證其階級統治順利進行。
三、禁教與鎖國
江戶幕府成立后，雖然德川家康曾通過各種途徑要求與明朝恢復國交，但由于明朝政府對豐臣秀吉的侵略言行記憶猶新，加上國內政局不穩，對此反應不甚積極。幕府又企圖利用再開“勘合貿易”、將貿易區移至琉球、將琉球十年一貢制改為一年一貢制等措施實現對流球的控制，遭到了明政府的拒絕。
在這期間，日本與朝鮮關系通過對馬島藩主宗氏的外交努力得以改進，1609年，兩國締結《己酉條約》，恢復了國交與貿易關系。而對于琉球，德川家康則以琉球親明為由，出兵琉球，迫使其從屬島津藩。
德川幕府與南洋各國之間實行“朱印船貿易”制度。慶長年間朱印船的觸角深及暹羅、呂宋（菲律賓）、交趾（越南中部）、東京（越南北部）、柬埔寨、西洋（澳門）、安南等19個地方，而到了元和（1615－1623）、寬永（1624－1643）年間，朱印船貿易的港口就集中到了高砂（臺灣）、東京、暹羅、呂宋等7個地方。在往來貿易的同時，日本人在所到國當地建立起的貿易駐地——日本町。
16世紀的世界海域一直被舊教國葡萄牙、西班牙所控制。1588年西班牙無敵艦隊被英國人摧毀后，葡、西兩國的東亞海洋貿易遭受到了來自新教國英國、荷蘭的挑戰。葡萄牙人數次在幕府面前攻擊英國與荷蘭，德川家康不以為然，反而對英、荷貿易產生極大的興趣。經過激烈的競爭，葡萄牙、西班牙在東亞貿易戰中敗給英國與荷蘭。由于對中、日貿易的苦心經營，荷蘭又逐漸取得了貿易的優勢地位，到17世紀20年代，荷蘭成為西方獨占對日貿易的國家。
在國內，幕府對外來宗教尤其是對天主教的發展越來越警覺。德川幕府建立初期，因貿易的需要，對天主教的傳教活動采取默認的態度。天主教勢力得到很大發展，參加者從平民到武士甚至大名諸侯一應具有。他們結成堅強的組織，宣傳上帝的權威與人人平等的思想，這與幕府的“神國”思想及等級身份制度相違背；加上新教國家英國與荷蘭因貿易的競爭關系，對天主教支持國西班牙、葡萄牙不斷進行挑撥，幕府愈來愈感覺到對天主教進行鎮壓已刻不容緩。
1612年，天主教大名有馬晴信擊沉一艘葡萄牙商船，為討封他的肥前舊領地，有馬氏向德川家康近臣本多正純的家臣岡本大八行賄，但事情未獲成功，有馬向本多正純追問，岡本大八受賄事發，被本多囚禁。在獄中，岡本又揭發有馬晴信謀殺長崎奉行。幕府以謀殺、受賄罪且兩人均為天主教徒為由，賜死有馬，火刑岡本大八。并以此為契機，斷然發出禁教令，宣布幕府直轄都市駿府、江戶、京都、長崎等地禁止天主教的傳播，并要求摧毀域內所有天主教堂。1613年大久保忠鄰被任命為“伴天連追放總奉行”，進入京都，負責摧毀京都的教堂，流放天主教傳教士，并強迫那里的天主教信徒“改宗”。1616年，幕府命令島津家久消滅領內“百姓以下”一切天主教活動，禁教的重點由清除外國傳教士活動轉向對國內一般教徒的迫害。1622年發生了著名的“元和大殉教”事件，西班牙等外國傳教士、日本教徒及朝鮮、中國人55人被集體屠殺。幕府還采用“踏繪”的手段搜查信教民眾，一旦被幕府發現，信徒就被處以游街、拷打甚至竹鋸、火刑等各種殘酷的刑罰。許多教徒被迫改宗。
九州肥前的島原與天草，是天主教在日本的發祥地，自1634年以來兩地天災不斷，幕府卻一再逼交租稅，并對信教民眾展開殘酷迫害。兩地人民忍無可忍，推舉16歲的少年天草時貞四郎為首于1637年發動起義。參加起義的群眾很快發展至3.7萬人，包圍了島原城。農民、浪人武士、天主教徒是這次暴動的核心。幕府緊急調動兵馬，令執勤于京都的西南藩主回國鎮壓起義。雙方僵持了數月，天草軍終因長期困守，彈盡糧絕，被幕府軍鎮壓。天草時貞四郎戰死，被俘民眾全部被殺害。島原起義是一次以宗教為號召口號的農民起義運動，一方面沖擊了幕府的封建統治秩序，另一方面更引起了幕府對外來宗教的恐懼，為全面鎖國埋下了伏筆。
伴隨著禁教的展開，幕府逐步加緊了鎖國的腳步。早在1616年幕府就下令除明船以外的外國商船只能在平戶、長崎兩港停泊。1620年，禁止日人隨外國商船出海并輸出武器。1622年“元和大殉教”之后，驅逐葡萄牙、西班牙人出境及禁止入境通商。隨后幕府分別于1633、1634、發布第一、二次“鎖國令”，在進一步驅逐境內的天主教勢力的同時，嚴格限制對外交往與貿易，宣布只有經過特許的船只（奉書船）才能出海。1635、1636年又接著發布第三、四次“鎖國令”，禁止一切船只駛往海外，海外歸僑、葡、西混血子女一律處死等。1639年幕府發布第五次“鎖國令”，全面限制一切外來船只。規定只有中國、荷蘭的船只才能與日本通商，且通商地點限定在長崎一港。朱印船貿易被禁止，幕府壟斷了所有對外貿易。1715（正德五）年，幕府發布《正德新令》，限定每年來航的中國船只不能超過30艘，銀6000貫；荷蘭商船限定2艘，銀3000貫。
這樣，日本經過數十年的禁教鎖國運動，一步步關上了國門。日本對西方的開放如驚鴻一瞥，立即轉入對本國文化的咀嚼與對民族產業的經營上。
第二節 江戶時代經濟的發展
一 、封建領主制經濟發展狀況
江戶時代的經濟制度是一種封建的小農經濟。16世紀末，日本人口的80％以上為農民。基本的生產關系為各藩領主直接控制廣大農民，農民為領主耕種一塊世襲土地，并交納一定量的實物地租和貢米。這種被稱為“本百姓”的自耕農，是德川幕府時代幕藩體制的主要經濟基礎。
幕府的收入主要依賴農民的年貢。因此為保證大米等糧食的供應充足，幕府千方百計提高對土地產量的剝削，不斷地變換租稅收取制度，提高農民上稅的份額，對農民的搜刮幾乎到了使農民“求生不得，求死不能”的境地。為防止農民從土地上流失，嚴禁土地的永世買賣。同時為了防止農村生產、生活的商業化，1650（慶安三）年，幕府向全國農民發布《慶安告諭》，禁種經濟作物，提倡節約。并通過改革幣制、強制捐獻、壟斷專賣等形式壓抑商品經濟的發展。
盡管如此，商品經濟還是在農村出現了，農村的生產力程度由于生產工具的改造以及栽培技術的提高而獲得了很大的發展，一部分農民開始有了年貢之外的剩余產品。這為商品經濟在農村的發展與城市的繁榮創造了條件。一部分富裕起來的富農、地主雇傭貧雇農進行土地的耕種，同時在農村開設手工作坊，進行商品的經營，牟取更大的利益。鄉村商人統包農民的農產品及手工產品，銷往外地。同時城市商人也把目光投向農村，他們向農村收購產品，牟取利潤。封建領主出于生活與財政的需要，也不得不鼓勵農民進行一些經濟作物的生產，農業生產日益商品化。在這樣的情況下，逐漸產生了農業特產區，如棉花生產集中在畿內和東海地區，養蠶集中于關東和東山地區，大豆盛產于本州東北地區。這樣的地區性特色農業為農產品的商品化提供了契機。米、棉、油等農產品除了上交部分外，剩余部分都作為商品出售。自然經濟逐漸受到沖擊。
農村經濟作物的生產，促進了手工業的發展。從17世紀末開始，農村手工業成為手工業發展的顯著特點。農產品的商品化，使農村卷入商品經濟的漩渦。上交給幕藩的租貢和農民的剩余品都向貨幣趨勢發展。17世紀后半期開始，為解決復雜的財政生活需要，各幕藩開始實行初期專賣制，并開始經營地方性特色手工業。一部分農民在商業活動中獨立出來，成為新興的階層。經過商人的活動與幕藩的經營，各地手工業也形成了一定的規模和自己的特色。手工業的主要產地有：京都西陣、九州博多的絲織業，大阪附近的棉織業，越前、美濃的造紙業，灘、池田、伊丹的釀酒業等等。
由于各產業的發達與“參觀交代”制度的影響，交通的建設也如火如荼。形成了以江戶為中心的呈反射狀的交通要道。沿海岸到京都的東海道、經信濃到京都的中山道、通往甲州（今山梨縣）的甲州街道、去往奧州（今東北地區）的奧州街道與通往日光的日光街道被稱為當時的“五街道”。由于運送大米與物質的商船的增加，航運事業也逐漸發達起來。
隨著各產業的發達，城市的發展進一步繁榮。為削弱各地大名的反抗力量，1615年幕府下令摧毀除藩主居住地以外所有地方的城堡，保持“一國一城”。幕藩的領主將武士聚集到城堡周圍，并召集手工業者、商人也聚集到這里，形成“城下町”，在“城下町”的基礎上慢慢發展了城市的規模。到17世紀末，全國上下已有城市300余座。其中江戶、大坂、京都是全國最大的城市。以江戶為例，不僅是幕府所在地，而且是經濟文化的中心。據1693年的調查，江戶各階層的人口總數有100余萬，超過當時世界上最繁華的城市倫敦。大坂為當時商業的中心，有