創造價值部分才給予退稅，從原則上說，二者都是合理的，可以并行不悖。但當一般貿易的出口退稅不能全部到位時，有的企業就會由一般貿易轉向加工貿易，特別是那些需用高關稅進口原材料和中間品的企業，將改做加工貿易，減少以一般貿易方式進口原材料和中間品，這樣就影響了國家的關稅收入。

2.如果加工過程集中在出口加工區或保稅區進行，海關就便于實施有效的監管。但我國的加工貿易并無地域限制，從沿海到內陸，可謂星羅棋布，確實不易監管。再加外貿企業有經營權而缺乏加工能力，生產企業有加工能力而沒有經營權，工貿脫節，漏洞不少，以致不法之徒有隙可乘，將保稅進口的原材料和中間品在國內倒賣以謀取厚利。例如，1997年海關查獲的走私大案中約有一半左右的金額是利用加工貿易渠道進行的。

必須指出，以上的矛盾不是由加工貿易這個利用國際分工的形式本身所產生的，對于兩種平行機制只要不斷協調，統籌兼顧，使之保持恰當的平衡，矛盾是可以解決的。對于走私，中央已下定決心，全面進行打擊，同時1997年銀行建立了加工貿易臺帳制度，海關和外匯管理局也進一步加強了加工貿易進出口的核銷措施。因此，利用加工貿易進行走私的非法活動正在受到遏制。

回顧70年代初期和末期的兩次能源危機，迫使西方發達國家加速調整產業結構，一系列產業向外進行梯度轉移，東亞新興的工業化國家和地區也將勞動密集型制造業向中國大陸移植。我國的加工貿易正是在這樣的歷史機遇中興起的，其中較成功的便是家用電器，從加工組裝發展為成熟的產業，并開始走向世界市場。在當前經濟全球化的過程中，以美國為首的發達國家正在進行著新一輪的產業升級，產業內分工不斷向縱深發展，客觀上出現了新的機遇，只要政策對頭，措施得當，我國的加工貿易就能登上一個更高的臺階。