專業；1974年建立針灸推拿傷科專業；1978年建立針灸推拿系；1982年在全國最早實行針灸、推拿獨立招生，建立針灸系和推拿系；1998年正式成立針灸推拿學院。
作為全國最早建立的針灸推拿本科及研究生教育的基地，擁有國家中醫藥管理局重點學科、上海市教委重點學科的學院，近年來堅持大學的“高層次、教育研究型、外向型”的辦學模式，不斷適應社會需求，逐步擴大本科及研究生的教育規模，為社會培養了一批又一批的高級中醫人才。目前開設專業及方向有：五年制針灸推拿專業、五年制針灸推拿學（康復方向）、五年制中醫學類（骨傷方向）、七年制中醫學針推英語班（與上海交通大學外語學院聯合辦學）。
學院擁有一支優秀的以博士生、碩士生導師為主的教學科研師資隊伍，承擔著本科生、研究生的教學和科學研究任務。針灸學課程獲國家教育部精品課程。有多名教師獲得“上海市名師獎”、“上海市寶鋼獎”和“育才獎”先進個人等殊榮，以及上海市教委“優秀青年教師”光榮稱號。
學院堅持以高層次、多學科交叉結合的發展思路，積極與上海復旦、交大、中科院技術物理研究所以及美國馬里蘭大學等國內外綜合性大學和科研院所合作開展科學研究和人才培養及柔性流動，不斷推動著科研水平提高和學科建設。在針灸經絡基礎、臨床研究和針灸推拿診療技術的客觀化、標準化研究等方面取得卓著的成就，先后獲得多項國家教育部、衛生部、國家中醫藥管理局和上海市科技進步獎，并獲得和轉讓專利多項。
學院還積極開展國際交流和合作，每年均派出教師赴東南亞和歐美地區國家講學交流以及醫療合作。也接待多國學者和團體的學習訪問，為中醫走向世界作出積極的貢獻。
護理學院簡介
上海中醫藥大學護理學院是在原上海醫學高等專科的護理專業（大專）基礎上組建，并于2000年5月12日正式成立。學院成立六年以來，在學校黨政領導的關心支持和全院師生的共同努力下，學院初具規模，并逐步完善了管理體制和教學體系。在2003年，隨著學校的整體搬遷到張江校區，護理學院的師資力量、教學設施、教學質量、辦學規模等各方面進一步發展，辦學綜合實力進一步提高。根據學校辦學的總體思路，學院確立了以堅持中醫特色為本、中西醫結合的辦學指導思想和“多層次、多模式、外向型”的辦學形式，在原來單一中西醫結合護理專業的基礎上，于2003年9月開始招收護理本科（四年制本科）及中外合作護理專業（三年制大專）。
護理學院擁有一支結構合理、生氣勃勃的師資隊伍，其中研究生學歷的教師所占比例為40%。近年來承擔多項市級、校級課程建設和科研課題，獲多項教學、科研獎項，創建市級、校級優秀課程，主編、參編各類教材數本，在國家級核心期刊發表論文數篇。學院下設3個教研室（基礎護理、臨床護理及中醫護理學教研室）、1個護理學教學研究實驗中心，擁有先進的護理教學模型和儀器。
學院擁有實力強大的臨床見實習基地如上海中醫藥大學附屬曙光醫院、上海中醫藥大學附屬龍華醫院、上海市仁濟醫院、同濟大學附屬上海東方醫院、上海市中醫醫院、國際婦嬰保健醫院、上海市兒童醫學中心等，為培養高素質的高級護理人員提供了優良的條件。
教學質量是學院的宗旨和奮斗目標，幾年來，學院積極、穩妥地進行教學改革，不斷提高教學質量。在培養學生綜合素質的前提下，在教學內容上充實、加強中醫專業基礎課程和中醫專業課，強化學生外語交流能力，使他們成為具備中西醫兩套護理理論和技能，并富有創新意識、適應社會需求的應用型高級護理人才。自學院成立以來，本學院畢業學生的就業率達到100%。
醫學技術學院簡介
醫學技術學院成立于2000年元月，是根據就業市場對醫學高等職業技術人才的需求，整合中醫藥傳統養生保健優勢，順應現代養生保健發展的要求，以培養養生保健、管理服務等醫學相關高等職業技術人才為主的二級學院。經過7年的管理與建設，學院由設置之初的中藥制藥與保健推拿2個專業，60余名學生，發展到至今中藥制藥、醫學美容技術及中醫營養等多個專業，2個校外辦學分院，共計555名學生。
目前設置了中醫營養教研室、醫學美容技術教研室和醫學技術聯合教研室。在依托其他二級學院專家教授和部分外聘師資的基礎上，學院專設“雙師型”師資12名，分別承擔了國家自然基金科研項目一項，市級科研課題二項，校級課程建設三項。
學院遵循“你的需求就是我的方向”的辦學理念，積極探索校企合作的辦學模式，現已和美麗田園美容有限公司簽訂了訂單式培養中醫美容專業學生的協議，和上海市托幼協會建立了中醫營養后期專業培養的關系，和上海蓮氏軒生物工程有限公司合作籌建健康實驗室等，為教師和學生教學、科研和實訓提供了較好的平臺。
國際教育學院簡介
依托上海中醫藥大學的教育資源，是學校專設的面向海外的中醫藥高等教育機構，自創辦以來的近30年中已為全球近100個國家和地區培養了近6000余名中醫師、針灸師和理療師，并在全國所有的中醫院校中首次參照ISO9001：2000質量管理體系要求為留學生提供教育服務。學院現有長期留學生440余名，每年短期留學生人數1000余名。學院還設有世界衛生組織（WHO）委托建立的國際針灸培訓中心，擁有英語、日語、法語、韓語等四個專業翻譯區域，能以多種語言開展教育交流活動。