完善增值稅制度。增值稅制度是出口退稅制度的根基。完善增值稅制度，加強稅收征管，構建完整的增值稅鏈條，才能從根本上防范出口騙稅風險。一是規范增值稅優惠制度。取消造成增值稅鏈條斷裂的優惠政策，確保增值稅鏈條的完整性。對確需扶持給予增值稅減免的，應采用不影響增值稅鏈條完整性的政策措施，如實行先征后返等。二是規范增值稅抵扣憑證。統一增值稅抵扣憑證，取消農產品收購憑證等其他增值稅抵扣憑證，企業只能憑增值稅專用發票進行抵扣，徹底解決收購農產品等進項抵扣難以控制和管理的問題，遏制騙取進項扣稅情況的發生。三是完善增值稅管理。提高增值稅政策執行的規范性和統一性，強化增值稅征收管理，嚴密防范和依法打擊虛開增值稅專用發票等違法犯罪行為。放寬一般納稅人認定標準，逐步將小規模納稅人納入一般納稅人管理。四是加強出口商品征、退稅銜接。整合綜合征管信息系統、增值稅防偽稅控系統和出口退稅管理系統，構建高度統一的稅收管理信息平臺，打破地區之間征、退稅信息溝通不暢的局面，實現征、退稅信息在全國范圍內共享。
進一步完善出口退稅管理機制。在以計算機自動比對替代人工審核的基礎上，把工作重點切實轉到出口騙稅風險防控上來，強化反騙稅監測分析工作。一是完善出口退稅審核系統的疑點設置。科學精準設置審核疑點。疑點的設置要簡而明，審核人員通過疑點的處置，切實能夠起到防范騙稅、規范管理的作用。二是建立完善風險預警監控管理體系。建立出口騙稅風險管理團隊，優化預警監控運作流程，完善出口退稅預警監控指標體系，快速識別出口騙稅風險點和監控點，形成總局、市、區（縣）三級監控網絡。預警監控管理體系應以預防為主，通過風險防控，形成打擊騙稅的高壓態勢。三是實行專業化管理。加強出口騙稅風險應對工作與其他部門的有效銜接。對較低風險級別的出口企業，由納稅服務部門督導企業自查和整改；對較高風險級別的出口企業，由退稅部門進行案頭審計、約談、舉證、實地核查等退稅評估；對高風險的出口企業，由稽查部門進行檢查。
完善外貿出口管理制度。外貿主體形式的多元化加大了甄別外貿出口中假為出口、實為騙稅的難度，需要完善外貿出口制度。一是實行外貿出口代理制，大力促進外貿綜合服務企業的發展。進一步完善現行外貿綜合服務企業退稅管理辦法，本著扶持、促進、管理的邏輯順序，適當簡化外貿綜合服務企業出口退稅的管理要求，推進這一外貿新業態的長足發展。促進外貿綜合服務企業的發展，可以避免出口貨物在國內多環節流轉，堵塞出口退稅管理漏洞。二是穩妥推行市場采購出口貿易方式。市場采購貿易方式出口的貨物，實行增值稅免稅不退稅政策，可以從制度上杜絕征稅不足、退稅過頭以及騙取出口退稅行為的發生。
依法打擊騙取出口退稅行為。針對目前涉嫌出口騙稅案件難以查實、難以取證、難以定性的問題，要完善法律法規，明確界定騙取出口退稅違法行為，細化懲處騙取出口退稅違法行為的法律條文，做到有法可依。
健全部門間協調機制。稅務、海關、外匯管理、商務、公安等部門應積極溝通協調、拓寬合作途徑、探索協作方法，健全和加強出口騙稅風險防范協調機制。一是要明確各部門職責。海關提高海關查驗率，嚴厲查處借貨出口、虛假出口、虛假報關等違法行為；外匯管理部門加強對出口企業的外匯管理，嚴厲打擊不正常收匯行為；商務部門關注外貿出口發展動向，加強企業的出口經營資格管理；公安機關充實經偵力量，嚴厲打擊騙取出口退稅違法行為。二是要實現部門間信息共享。相關部門之間建立征退稅信息、出口信息、結匯收匯信息、生產企業和流通企業進出口資格審批信息、涉稅違規企業查處信息的定期交換機制。
（作者:李金江 王樹寶 周光磊 孫文勝 單位：國家稅務總局天津市稅務局）
貨物出口時，用的是哪家公司進行的申報，那么退稅就只能退給他們，而且也只能申報的公司來操作，至于退下的那部分，怎么分，就是工廠跟貿易公司的事了。
下面的流程，您可以做個參考：
貨物出口、財務入帳火——→收集退稅所需兩單三票（報關單、核銷單、增值稅專用發票、專用繳款書、出口發票）——→在外貿企業出口退稅申報系統錄入并進行數據加工處理、生成申報軟盤、打印申報表——→裝訂資料、申報表——→經外貿主管部門稽查核——→向退稅機關申報——→退稅機關審核、審批——→通知國庫辦理退庫。
出口退稅出口退稅登記的一般程序：1. 有關證件的送驗及登記表的領取 企業在取得有關部門批準其經營出口產品業務的文件和工商行政管理部門核發的工商登記證明后，應于30日內辦理出口企業退稅登記。2. 退稅登記的申報和受理企業領到" 出口企業退稅登記表"后，即按登記表及有關要求填寫，加蓋企業公章和有關人員印章后，連同出口產品經營權批準文件、工商登記證明等證明資料一起報送稅務機關，稅務機關經審核無誤后，即受理登記。3. 填發出口退稅登記證 稅務機關接到企業的正式申請，經審核無誤并按規定的程序批準后，核發給企業"出口退稅登記?quot;4. 出口退稅登記的變更或注銷 當企業經營狀況發生變化或某些退稅政策發生變動時，應根據實際需要變更或注銷退稅登記。二.出口退稅附送材料1. 報關單。報關單是貨物進口或出口時進出口企業向海關辦理申報手續，以便海關憑此查驗和驗放而填具的單據。2. 出口銷售發票。這是出口企業根據與出口購貨方簽訂的銷售合同填開的單證，是外商購貨的主要憑證，也是出口企業財會部門憑此記帳做出口產品銷售收入的依據。3. 進貨發票。提供進貨發票主要是為了確定出口產品的供貨單位、產品名稱、計量單位、數量，是否是生產企業的銷售價格，以便劃分和計算確定其進貨費用等。 4. 結匯水單或收匯通知書。5. 屬于生產企業直接出口或委托出口自制產品，凡以到岸價CIF結算的，還應附送出口貨物運單和出口保險單。6. 有進料加工復出口產品業務的企業，還應向稅務機關報送進口料、件的合同編號、日期、進口料件名稱、數量、復出口產品名稱，進料成本金額和實納各種稅金額等。7. 產品征稅證明。8. 出口收匯已核銷證明。9. 與出口退稅有關的其他材料。