辦理出口退稅時在當期應退稅額中扣回。對進口料件在進口環節實征的增值稅，憑海關完稅憑證，計算調整減少進口料件的應扣退稅額。

應退增值稅計算：

應退稅額=出口貨物的應退稅額－銷售進口料件的應抵扣稅額。

銷售進口料件的應抵扣稅額=銷售進口料件金額×復出口貨物退稅率－海關已對進口料件實征的增值稅額。

出口企業不得將進料加工貿易方式下進口料件取得的海關征收增值稅完稅憑證交主管征稅機關作為抵扣憑證，并計算當期進項稅額，而應交主管退稅機關作為計算應退稅的依據。對從事進料加工貿易方式的外貿企業未按規定申請辦理《進料加工貿易申報表》的進料加工業務主管征稅機關對其保稅進口的原材料零部件轉售給其他企業加工的應按規定的增值稅稅率計征銷售料件的增值稅。

（二）進口料件采取委托加工方式。

外貿企業采取委托加工方式委托生產企業加工并收回出口貨物，支付的加工費，憑受托方開具的增值稅專用發票上注明的加工費金額，依復出口貨物適用的退稅率計算應退稅額。應退增值稅計算：

應退稅額=增值稅專用發票注明的加工費金額×復出口貨物退稅率。