后，為阻止清兵南進，南明督師史可法率軍堅守孤城，寧死不降，表現了堅貞不屈的民族氣節。城陷后，清軍屠城10日，死者數十萬。

清代，康熙和乾隆多次“巡幸”使揚州出現空前的繁華。城市人口超過50萬。為當時世界上10個擁有50萬以上居民的大城市之一。當時的揚州，居交通要沖，富鹽漁之利 ，鹽稅與清政府的財政收入關系極大。各地商人增多，紛紛在揚州建起了會館，各有營業范圍和地方特色。同時興起的還有會票——信用匯兌。在文化上，一些鹽商廣結文士，愛好藏書，修建府學、縣學，恢復名勝古跡，對揚州的文化發展具有一定的貢獻。這期間出現了以金農、李魚單、高翔、鄭燮、羅聘等“揚州八怪”為代表的揚州畫派，以阮元、焦循、汪中、任大椿和王引之父子為代表的揚州學派。揚州戲曲歷史悠久，至清代大盛。1790年，為慶祝乾隆重皇帝80壽辰，以揚州寶應高朗亭為班主的三慶班進京演出，與其它劇種一起，對京劇的形成和發展產生重要影響。揚州的評話、清曲、揚劇、木偶、玉雕、漆器、揚州盆景、淮揚菜肴等均在清代形成自己的特色。新中國成立后，古城揚州煥發青春，1982年揚州被國務院首批公布為我國24座歷史文化名城之一。