哥、雷根－則被設定為跟隨著內加法號航往沾翠四號行星。在這段被后世稱為“長眠”的漫長的旅程中，擎天神持續的觀察那些躺在冬眠艙中的囚犯。在徹底評估了這些囚犯體內的基因突變和變化之后，擎天神在其中某些人的體內發現了一串強有力的基因株。雖然這個變異只有發生在不到百分之一的囚犯身上，但很明顯的這個基因是和人類大腦中的心電感應性狀有關系。擎天神推測，若是這些囚犯能夠在新的環境中存活下來，在幾個世代之后應該就能順利的產生心電感應的能力。這個發現被記錄起來，并且直接的傳送回多蘭.茹斯的資料庫中。
這次在計劃中只有一年的旅程，卻遭遇到命運的捉弄。在旅程中的某個時間，連結到擎天神上的導航系統關閉了，這不但導致了目的地的坐標被刪除，連地球的坐標都一并消失不見。這四艘船攜帶著無助的冬眠者，無聲無息的在宇宙中以曲速航行了三十年。
最后，其中一艘的航艦引擎融毀了。在經過二十八年的曲速旅行之后，這些巨大的船只重新出現在三度空間中，靠近一個可居住星系的外緣。這里距離地球六萬光年之遠，他們的曲速引擎全毀，生命維持的系統幾乎已經耗竭。所有的船只只有進入緊急狀況，準備迫降在最接近的可居住行星上。
雷根和薩倫哥號迫降在被命名為巫魔加（Umoja）的行星上。薩倫哥號在穿越大氣層的時候系統受到嚴重的損害，墜毀在地面上，全艦的八千多名乘客全部罹難。雷根號是最為幸運的，它毫發無傷的降落在地面上。當航艦降落之后，這些冬眠者們慢慢的蘇醒過來，試圖要搞清楚自己所在的位置和到底經過了多久時間：卻發現擎天神號已經將所有跟這旅程相關的記憶全部消去。
亞哥號降落在后來被稱為莫瑞亞的紅色行星。它的乘客遭遇到跟雷根號乘客一樣的命運，所有和他們目前狀況有關的資料都已經被消去。只有內加法號的乘客可以進入電腦的資料庫中，了解目前的困境。他們直接的進入了擎天神的資料庫，在發現了事實之后，開始懷疑自己到底有沒有再度回到地球的機會。雖然他們降落在溫和的塔桑妮行星上，但是內加法號所受到的損害已經無法修復。這些殘存的流放者散布在三顆行星上，開始拆卸船只的殘骸，試圖在新的環境中掙扎求生。
【聯邦與新世界】
每個行星的居民努力的試圖在被稱為『新世界』的星球上生存。他們并不知道還有其它的同類掙扎著在別的地方求生存，只能夠努力的利用手邊的資源活下去。由於失去了星際通訊的科技，難民們又將航艦所有可用的零件都拆卸下來，因此他們孤立生活了數十年。在相當短的時間內，這些難民們就在行星上建立了各不相關的殖民地。要等到六十年后，他們才會因為重新研究出太空旅行的科技而發現彼此的存在，在此之前，每個行星都獨立發展成繁榮且自給自足的社會。最大而且科技最先進的殖民地塔 桑妮很快的就發展出了第二代的次曲速引擎。這讓他們的船只可以自由的探索四周荒 涼的行星，最后終於發現了同為『長眠』之后的幸存者。
在彼此之間恢復聯絡之后，三個殖民地彼此之間受到貿易及交流的互惠。雖然塔桑妮持續的施壓，要求巫魔加和莫瑞亞加入一個聯合的政府，但是這兩個殖民地堅決的拒絕。塔桑妮的艦隊持續的探勘這一塊遠離地球，后來被稱為克普魯星區（Korprulu）的區域。
塔桑妮在這個區域建立了七個繁榮的殖民地之后，大為增加了他們的軍事力量。一個新的聯合政府，為了紀念地球而命名為地球聯邦，由塔桑妮底下的殖民地組成了。擁有附近區域最富饒礦產的莫瑞亞殖民地開始擔心這個聯邦會不會覬覦他們獲利豐富的開曠事業。於是，凱爾－莫瑞亞連合成立了，這個合作的組織將會對於受到聯邦壓迫的礦業公會提供武力上的支援。聯邦和連合之間的緊張關系很快的開始升高，最后終於演變成史稱地球公會戰爭的事件。
公會戰爭持續了幾乎四年，最后聯邦終於和連合『協調』出了和約。雖然連合依舊保有自治權，但是幾乎它轄下的所有公會都被割讓給聯邦。巫魔加殖民地在看到了聯邦的濫權將會導致什麼結果之后，成立了巫魔加護國軍，這個由全國人民所組成的民兵誓言保護自己的殖民地不受聯邦的暴政染指。最后，公會戰爭所帶來的結果是聯邦奠立了它在這個星區中的地位，變成第一強權。
聯邦的『探勘者』們不休止的往外擴張。隨著聯邦的執法者不斷濫用權力，海盜和各地自組的民兵開始如雨后春筍般的出現。這其中最著名的一個例子就是公然抗爭聯邦政策的克哈星（Korhal）。
【克哈的叛變】
克哈是聯邦轄下的星球中最早被殖民的幾個星球之一。克哈不但生產力高，創造力也毫不匱乏，聯邦的軍事和科技的領先地位有一大部份是靠著他們而達成的。雖然克哈持續的生產力一直對於聯邦有莫大的貢獻，但是殖民地中的人民一直很厭惡和那些腐敗的聯邦參議員共事。為了要取得自治權，殖民地的居民對當地的聯邦民兵們掀起了一場又一場的暴亂。聯邦毫不遲疑的予以回應，宣布了戒嚴。這個回應只不過對居民們造成了更大的刺激，讓原先動蕩不安的社會更加混亂。聯邦相信，如果這個他們最寶貴的殖民地都會起而叛亂，他們就很難阻止其他的殖民地不起而效尤。聯邦的高層官員很快的就決定，克哈的是件必須要用任何可能的手段來停止－克哈要作為一個殺一儆百的范例。
克哈星的一位名叫恩格斯.曼斯克（Angus Mengsk）的活躍議員決定利用這個機會來鼓勵他同胞們的一腔熱血。當曼斯克對聯邦宣戰的時候，民眾呼喊自由的熱情的確是無法忽視的。藉著煽動克哈星上所有的群眾，曼斯克成功的讓狂熱的民眾們占領了聯邦在當地的所有前哨站。在公開宣布了自此以后聯邦不再擁有克哈星的任何主權之后，曼斯克成功的爭取到其他許多同在掙扎的殖民地的尊重與敬佩。
聯邦政府為了要壓制這個狀況，反而將他們所有的部隊從克哈星撤走，艦隊也離開了克哈星的領空。曼斯克和其他叛 變的領袖們相信已經獲得了勝利，開始慶祝他們脫離聯邦的革命。聯邦政府知道克哈星的失陷可能會鼓動其他殖民地的叛變，計劃用更為迂回的方式奪回克哈。
聯邦政府派出了三名最強悍的殺手，代號為『鬼子』部隊的菁英，去除掉在克哈星上的曼斯克和他們的支持者。第二天，在曼斯克的高聳，如同要塞一般矗立的高塔中： 尸體支離破碎的曼斯克被發現和他的妻子、女兒一起陳尸在自己的房間中。沒有人知道曼斯克的腦袋到哪里去了。雖然刺客成功的重創了克哈星的反抗勢力，但是曼斯克的死也制造了聯邦日后最大的敵人。
牧夫曼斯克（Arcturus Mengsk）是一位著名的聯邦