在1914年7月29日溝通，嘗試避免戰爭。他樂觀地解讀奧匈帝國對塞爾維亞的最后通牒，認為奧軍只會將戰爭限于該地。然而，威廉的努力為時已晚。在部下的勸諭之下，德皇下令總動員并開始進行施里芬計劃。

當時，英國普遍認為第一次世界大戰是“德皇的戰爭” (也正如斷言二戰是希特勒的戰爭) 。此看法現在被視為不公平，這是基于它斷言威廉二世要為此負上個人責任。但其實，威廉大力鼓吹軍國主義，支持德國軍擴張，又支持軍事工業的發展(尤其是克虜伯公司)，已經令他的國家陷入軍事競賽。當這競賽變得難以駕馭的時候，戰爭就在所難免。

在簽署總動員之命令時，威廉被認為曾經對部下說過“你們會后悔的”。但那邊廂，他又鼓勵奧地利對塞爾維亞采取強硬政策。在戰爭期間，威廉更自任德軍大元帥。 作為戰時國務的最終決策者，威廉要承受的負擔實在太沉重。當戰事持續，他越來越依賴部下的意見，以至1916年后的帝國變成一個軍事獨裁政權，由興登堡與魯登道夫操控。戰爭期間，受到挫敗感與勝利的幻想影響，威廉的策略搖擺不定。雖然如此，這位德國皇帝仍然是國家的重要象征。他依然能監督軍事生產、頒發獎章與發表演說鼓勵士兵。

另外，德皇依然有自由任命官員的權利，能掌握重要的軍事指令。1915年，他撤換總參謀長小毛奇，改用埃里希法金漢。同樣地，在1916年的日德蘭海戰后，威廉下令海軍減少與英軍正面沖突。

1918年，德軍的最后攻勢宣告失敗，四面楚歌。明顯地，結束戰爭將會是明智之舉。而那時，威廉早已失去所有權力。由于他不滿被部下架空權力，他嘗試在戰爭末期的危機中爭取主導權。得知德軍大勢已去后，他支持德軍向盟軍投降，以免德國為繼續打仗而遭受滅頂之災。