工業區（現在的坪山新區）。政策一出，港資企業一片嘩然，大量“三來一補”企業和“三資企業”紛紛遷往外地。這一過程一直延續到本世紀初。據統計，截止2008年，深圳已整體外遷規模以上工業企業599家，涉及10個工業行業，涉及工業總產值達108億元。
一般認為，深圳真正實施第二次產業轉型升級并高調提出了發展高新技術產業，是在1995年前后，促成這一轉型既來源于經濟發展的困局，也部分來源于外界的質疑。1995年國內發生了關于深圳特區的第二次大論戰。論戰的一方是時任深圳市委書記的歷有為，論戰的另一方是有“國情學者”之稱的胡鞍鋼博士。起因源于胡鞍鋼發表了一篇關于《特區還要不要特下去》的文章。文章的中心論點是，特區不是特在國家的特殊優惠政策和全國人民的特別支持，而特在特區自身的創新。究竟誰是誰非，無法作出準確判斷，但有一點可以肯定，這種關于特區的質疑，是向深圳特區敲了一次警鐘，有利于調整發展戰略和工作思路。
正是在這樣的背景之下，深圳市委市政府高調提出了深圳要第二次創業的口號。1995年，深圳市頒布了《關于推動科學技術進步的決定》，1997年深圳市又出臺了《深圳市高新技術產業園區發展規劃綱要》，1998年，深圳市制訂了《關于進一步扶持高新技術產業發展的若干規定》（簡稱22條）。至此，深圳市初步完成了產業轉型升級的政策布局。
經過幾年的臥薪嘗膽，深圳的第二次產業轉型初見成效。
一是加工貿易轉型升級，加工貿易已初步實現由勞動密集型產業向資本和技術密集型產業的轉變，以電子信息產品為主的高新技術產品的比重達到57.7%，傳統勞動密集型產品比重下降至12%以下；二是一大批高耗能、高污染、低附加值的企業被淘汰。原布局在深圳南頭、蛇口及東部沿海的印染廠、紡織廠等有的關停、有的遷移、有的轉產；三是大批高新技術產業崛起，如光機電一體化、電子信息、生物工程、醫藥、新材料產業布滿關內外，成為深圳的第一大支柱產業；四是物流產業迅速發展成為全國唯一擁有海、陸、空對外口岸的城市，港口集裝箱吞吐量在全國排名連年躍升，直到2005年，雄居全球第四貨柜港。
（3）第三次產業轉型：高新技術產業和現代服務業并舉
深圳第三產業轉型的動因來自兩個方面：一方是政府主動為之，力圖通過調整，在進一步發展高新技術產業的基礎上，將經濟增長的第一引擎由工業變為現代服務業，著力推進金融、會展、創意、文化等高端服務業的發展。為此，深圳出臺一系列政策法規。2005年，深圳市出臺《工業結構調整實施方案》，方案提高了企業進入的環保門檻。同年，深圳還出臺了《2005——2010年深圳市文化產業發展規劃綱要》，第一次明確提出將文化產業列為第四大支柱產業。2007年1月，深圳市出臺了《關于加快我市高端服務業發展的若干意見》，這個文件還被認為是深圳向現代服務業進軍的動員令。
另一方面，一大批“三來一補”企業“三資企業”，因生存環境惡化，主動外遷，形成了繼1993年之后的又一波外遷潮，已經并將持續影響深圳的經濟總量。外資企業外遷的原因主要有以下方面：一是用地嚴重短缺，企業的擴張受到影響；二是政策優勢弱化，國家調整了加工貿易政策，降低了出口退稅率，并取消部分高耗能、高污染、資源性產品的出品退稅，并收縮了信貸等等；三是利潤空間縮小，人工工資、土地成本上升，原材料價格上漲，工業用水、電價上調等等。從外遷的路線看，一部分遷至東莞、惠州，以及省外的湖南、湖北、廣西等地；也有一部企業則向越南、孟加拉、印度等生產成本更低、準入制度較為寬松的國家和地區轉移。
正是上述兩方面的因素，促成了深圳的第三次產業轉型。按深圳市的說法，第三次產業轉型，就是要實現五大轉變：一是實現產業發展的核心要素由物質性資源向軟資源轉變；二是第二產業由勞動密集型向先進制造業轉變；三是產業結構由工業主導向服務業主導轉變；四是第三產業由傳統服務業向高端服務業轉變；五是經濟增長動力由傳統產業向高端產業轉變。
目前這次轉型仍在繼續，但已初見端倪。以福田區為例，近幾年福田區在轉型中探索出三個模式：即：“工改商模式”、“工改工模式”、“工改文模式”。一是以華強北商業街為代表的“工改商”模式，把華強北從原來以電子產品生產和銷售為主的工商混合區發展的中國電子第一街；二是以上沙創新科技園為代表的“工改工”模式，將16棟“三來一補”的廠房進行整體改造，把原先的低端加工制造園區改造成為科技創新園區，現在這里聚集幾十家通信、網絡等高科技研發企業，年產值比改造前增長了17.25倍；三是以田面創意產業園為代表的“工改文”模式，把原先的汽車修配、服務生產的工業區改造成為集工業設計、平面設計、空間設計于一體的文化創意產業園區，如今，在僅4.3平方公里的福田中央商務區，聚集著75家世界500強企業的124個研發中心、采購中心或分支機構，占深圳市80%的創投機構、65%的證券營業部、94%的基金公司、84%的保險機構，此外，還聚集 了100多家的各類金融機構的業務總部和區域總部。
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