在各類型細胞表面HLA分子表達與否以及表達的密度，可以受不同的因素調節。一般認為，調控HLA分子表達的主要環節是轉錄速率。可能影響HLA分子表達的因素有：①組織細胞的分化階段：HLA分子是造血干細胞和某些免疫細胞的分化抗原，在細胞分化、成熟的不同階段，各類HLA抗原的表達可有改變。例如HLADQ分子是人單核細胞的成熟標記；Ⅱ類抗原僅表達在激活的T細胞表面。②某些疾病狀態：某些傳染性疾病、免疫性疾病、造血系統疾病以及腫瘤均可影響HLA抗原表達。如AIDS病患者單核細胞HLAⅡ類抗原表達明顯減少，某些腫瘤細胞表面HLAⅠ類抗原表達減少。③生物活性物質：某些細胞因子，例如三類干擾素（α、β、γ）以及TNFα、THFβ均可增強不同類型細胞HLAⅠ類抗原表達；具有Ⅱ類抗原誘生能力的細胞因子包括IFNγ、TNFα、IL6及GMCSF等。此外，某些激素、某些神經遞質和神經肽也可影響HLA分子表達。
HLA分子在免疫應答與免疫調節中是一類關鍵的分子，故各種因素對HLA分子表達的調控可能是體內免疫調節網絡的重要組成部分。同時，受各種調節因子的影響，HLA分子的異常表達也參與某些疾病的發病機制。
7 HLA與疾病相關性不同個體對疾病易感性的差異在很大程度上是由遺傳因素所決定。在群體調查中比較患者與正常人某些特定等位基因及其產物的頻率，這是研究遺傳決定的對疾病易感性的主要方法。
HLA是目前已知的具有最復雜多態性的人類基因系統，且Ir基因正位于HLA復合體內，因此考慮到HLA與某些免疫性疾病可能存在相關性。60年代末通過對患者與正常人HLA抗原頻率的群體調查，發現了某些疾病與特定的HLA型分別呈非隨機分布。最典型的例子是91%以上的北美白人強直性脊柱炎患者帶有HLAB27抗原。這種現象，即二個遺傳學性狀在群體中同時出現呈非隨機分布，稱為關聯（association）。HLA是第一個被發現與疾病有明確聯系的遺傳系統。迄今已發現60余種疾病與HLA有關聯，這些多屬于病因或發病機制未知、與免疫異常有關，或有家族傾向及環境誘發因素的疾病。特定疾病與某種HLA型別的相關性可通過相對危險性（relative risk,RR）來評估，其計算公式為：
RRP+×C―/P―×C+
式中P+為具有某種抗原的病人數；C―為不帶此抗原的對照組人數；P―為不帶此抗原的病人數；C+為具有此抗原的對照組人數。RR表示帶某種HLA抗原的人與無此種抗原的人在患某種疾病的危險性上的比值。RR1時，兩者無關聯；若RR＞4，則認為此病與某種HLA抗原肯定有關聯；RR值越大，表示帶此抗原的人患某病的危險性越大。反之，若RR＜1，表示帶此抗原者某病有抵抗性。
在評估HLA與疾病的相關性時須注意下面幾點：①發現HLA與某種疾病有關聯，并不意味著攜帶某抗原就一定會患某病，HLA本身并不是病因而僅僅是一種遺傳標志；②HLA抗原在群體中的分布與民族、人種、地理環境等有關，在研究與疾病的關聯時應綜合分析才有參考價值；③研究對象須是隨機選擇，無親緣關系的：對照組與疾病相關性可能有助于某些疾病的輔助診斷，疾病的預測、分類以及預后的判斷。表53列出某些疾病與HLA的相關性。
表53 HLA 和疾病的相關性
疾病 HLA抗原 相對危險性RR 強直性脊柱炎 Ⅰ類型 B27 ＞100 青少年類風濕性關節炎 B27 24 Reiter病 B27 30～50 牛皮癬性關節炎 B17 6 Bechat綜合征 Cw6 9 發作性睡眠 B51 10～15 尋常天皰瘡 Ⅱ類DR2 20 I型糖尿病 DR4 24 多發性硬化癥 DR3/DR4 20 全身性紅斑狼瘡 DR2 4 全身性硬化癥 Ⅲ類C4AQO
C4BQO
C4AQO 6
11
9
迄今已檢出了眾多的HLA基因多態性標志。因此，有可能在DNA水平上探討HLA與疾病的相關性，甚至發現一些與經典HLA抗原未表現出關聯，但與HLA基因型別關聯的疾病。可以預期，隨著DNA水平的研究不斷深入，最終有可能在HLA復合體中發現某些疾病的易感基因，甚至測出這些基因的核苷酸序列。這將有助于闡明某些疾病的發病機制，并在此基礎上制訂全新的防治措施。
HLA與疾病關聯的機制尚未完全清楚，已提出的一些學說包括：①分子模擬學說：該學說認為，由于HLA抗原本身與某種病原物質相似，機體或者不能對該病原物質產生有效的免疫應答，或者在對病原物的應答中發生交叉反應反而損害了自身組織；②受體學說：HLA抗原可能作為外來病原物質的受體，兩者結合導致組織損傷；③免疫應答基因學說：人的HLA基因就是Ir基因，特定的Ⅱ類基因型可能導致特定的異常免疫應答，從而表現為易感某種疾病；④連鎖不平衡學說：特定的HLA基因可能與某病的易感基因連鎖，HLA型別僅是一種檢出的遺傳標志。一般認為，與HLA有關聯的不同病種可能有不同的機制。
8 HLA表達異常與疾病的關系
HLA表達異常即細胞表面HLA分子質與量的異常，可參與疾病發生。
8.1 HLAⅠ類抗原表達異常在小鼠及許多人類腫瘤或腫瘤衍生的細胞株均已發現MHCⅠ類抗原表達缺失或密度降低。若將Ⅰ類基因轉染給腫瘤細胞株，則惡變細胞可發生逆轉，且浸潤性與轉移性消失或降低。這可能是由于MHCⅠ類抗原缺失的腫瘤細胞不能補TC識別并攻擊，從而導致腫瘤免疫逃逸（sneaking through）。
8.2 HLAⅡ類抗原表達異常9 HLA與排斥反應
移植物存活率很大程度上取決于供者和受者之間HLA型別相合的程度。在腎移植中，各HLA座配合的重要性依次為HLADR、HLAB、HLAA。近年來特別重視HLADP對移植器官長期存活的意義。在骨髓移植中，為預防嚴重的移植物抗宿主反應（graft versus host reaction,GVHR），一般要求從同胞中選擇HLA全相同的個體作為供者。此外，某些輸血反應以及習慣性流產也與HLA不兼容所導致的排斥反應有關。
10 HLA與法醫
由于HLA復合體的高度多態性，在無關個體間HLA表型全相同的機率極低，故HLA復合體被看作是伴隨個體終生的特異性遺傳標記。借助HLA基因型和（或）表型檢測，可用于法醫上的個體識別。另外，由于HLA復合體具有高度多態性以及單倍型遺傳的特點，使HLA分型成為鑒定親子關系的重要手段。
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11 HLA分型技術HLA分型并不只是一種應用性的臨床檢測指標，免疫遺傳學研究的發展，很大程度上依賴于以分型為主要手段的HLA多態性分析。60年代建立的并不斷完善的血清學及細胞學分型技術主要側重于分析HLA產物特異性；80年代起建立的DNA分型方法則側重于基因的分型。
11.1 血清學分型技術 11.1.1 HLAⅠ類抗原的檢測
HLAA、B、C抗原型別鑒定均借助微量淋巴細胞毒試驗（microlymphocytotoxicitytest）或稱補體依賴的細胞毒試驗（plement dependent cytotoxicitytest）。原理為取已知HLA抗血清加入待測外周血淋巴細胞，作用后加入免補體，充分作用后加入染料，在倒置顯微鏡下判斷結果，著染的細胞為死亡細胞，表示待檢淋巴細胞表面具有已知抗血清所針對的抗原。標準抗原清取自多次經產婦或計劃免疫志愿者。
11.1.2 HLADR、DQ抗原檢測該二抗原分型方法同HLAⅠ類抗原，但所用抗血清須經過血小板吸收以去除針對Ⅰ類抗原的抗體。另外，待測細胞須是經純化的B細胞。
血清學分型是一項古老的技術，雖然近年來已建立許多新的分型技術，但血清學方法目前仍是HLA分型的基礎。
11.2 細胞學分型技術
HLADw特異性與HLADP特異性可分別通過純合分型細胞（homozygote typing cell,HTC）及預致敏淋巴細胞試驗（primed lymphocyte test,PLT）檢測。二種方法的基本原理均是判斷淋巴細胞在識別非已HLA抗原決定簇后發生的增殖反應。由于分型細胞來源困難以及操作手續繁瑣，細胞學分型技術下正逐漸淘汰。
11.3 HLA的DNA分型技術
上述傳統的HLA分型方法有許多不足之處，近年來國內外已將HLA分型技術由抗原水平發展到基因水平。
11.3.1 限制性片段長度多態性檢測技術這是首先建立的對多態性進行檢測的DNA分析技術。個體間抗原特異性來自氨基酸順序的差別，后者由編碼基因的堿基順序不同所決定。這種堿基順序的差別造成限制性內切酶識位置及酶切位點數目的不同，從而產生數量和長度不一的DNA酶切片段。用特異性探針對整個基因組DNA酶切片段進行雜交，即可分析限制性長度片段多態性（restriction fragment lengthpolymorphi *** ,RFLP）。一定的內切酶組合所得到的HLARFLP可以和傳統方法測定的HLA特異性型別相關。80年代末發展起來的PCR（polymerase chain reaction）技術已被用于RFLP分析，即用等位特異限制酶裂解PCR擴增的片段，然后再進行分析，從而大提高了靈敏度。
11.3.2 PCR/SSO技術此法乃用人工合成的HLA型別特異的寡核苷酸序列作為探針，與待檢細胞經PCR擴增的HLA基因片段雜交，從而確定HLA型別，PCR技術可將HLA復合體上指定基因片段特異性地擴增5～6個數量級；而專門設計的SSO（序列特異的寡核苷酸sequencedpecific oligonucleotide）探針又能探測出等位基因間1～2個核苷酸的差異，故PCR/SSO技術具有靈敏度、特異性強、需樣本量少等優點。
11.3.3 PCR/SSP技術目前常規的HLADNA分型技術，包括上述的PCR/RFLP、PCR/SSO等，最終均需用標記的特性探針與擴增產物進行雜交，再分析結果。PCR/SSP方法用乃設計出一整套等位基因組特異性引物（sequence specific primer,SSP），借助PCR技術獲得HLA型別特異的擴增產物，可通過電泳直接分析帶型決定HLA型別，從而大大簡化了實驗步驟。
由于傳統方法在Ⅱ類抗原分型方面困難較大，故上述幾種基因分析型方法目前主要用于Ⅱ類基因座。此外，目前已建立的HLA基因分型技術還包括PCR單鏈構像多態性分析（PCRsingle strand 買粉絲nformational polymorphi *** ，PCRSSCP）和PCR 異源二聚體