1998年中國遭遇百年未遇的特大洪災，中山醫院組建由副院長王玉琦教授為隊長的抗洪救災醫療隊奔赴湖南災區救援。同年心研所大樓加層改造工程完工。1999年院內感染中心經市衛生局評審通過為上海市院內感染質量監控中心，并掛靠醫院。6月血管外科在國內首創“對動脈瘤患者實施腔內支架術治療”獲得成功。8月由血管外科和波士頓科學國際有限公司聯合創辦中山－波士頓腔內血管外科培訓中心。11月成立復旦大學血管外科研究所。同年醫院斥資6000萬元人民幣購置門診部以西的10畝地，籌建7.2萬平方米的門急診醫療綜合大樓。
2000年普外科和整形外科在國內率先開展“腺體置換方法”治療乳腺癌，取得良好治療效果。同年在國內首例機器人輔助冠狀動脈搭橋手術及機器人輔助后腹腔鏡腎囊腫切除手術獲得成功。同年建立高壓氧科室和乳腺疾病與健康研究中心。由陳灝珠、葛均波教授主持上海市心血管病研究所等主辦的“第一屆東方國際介入心臟病會議”召開。中國中西醫結合學會皮膚性病專業委員會掛靠中山醫院。
2001年購進斜土路1609號原上海泰康食品廠地塊，并且對原泰康食品廠的辦公樓進行改造，作為門急診醫療綜合樓建設期間門診部過渡臨時用房。完成門急診大樓地塊108戶人家動遷工作，拆除老門診樓。12月28日舉行門急診綜合大樓的奠基儀式。先后成立了上海市臨床營養研究中心、上海市影像醫學研究所、復旦大學器官移植中心以及中山睡眠呼吸障礙與鼾癥診治中心。在中國首先引進TPS計劃系統開展125I放射性粒子植入前列腺治療前列腺癌，取得良好療效。2003年3月，王玉琦教授任中山醫院院長。新班子以建成上海市標志性醫院為目標，以深化改革，機制創新為措施，堅持抓防治非典這件大事不松勁，抓經濟建設、醫、教、研、管理等工作這個中心不動搖，穩步推進醫院發展。
三月底遇到天災SARS，中山醫院作為市監測點，嚴格按上級指示，采取了思想、組織、場地和設備等方面的堅決措施。本著“一個不漏、一個不染、一個不倒”的工作目標，“嚴”字當頭、橫下一條心，共闖難關，全力做好“非典”防治重中之重的工作。先后建立務實的SARS防病工作例會制度。成立了上海市第一個發熱專病門診；急事急辦，用最快速度引進安裝了一臺x光DR成像系統；關閉院內招待所的所有房間，改為工作人員的隔離休息用房。加強全員培訓，對涉及8個科室五個梯隊的人員進行重點培訓。組建兩支由17位醫護人員參加的醫療隊，支援上海市傳染病醫院。經受住了嚴峻的考驗，鍛煉了一支隊伍，順利完成上級交給的任務。
為了嚴格管理，加快干部隊伍建設。建立“干部管理公示制”，讓科室主任在全院干部工作例會上展示對科室管理的情況。改變以往年度考核形式、方法和內容，實行公開述職、考評小組打分、職工參與的形式，用4個半天時間，分別對科主任、副處級干部和部門負責人共64位中層干部進行年度述職考核，促進了管理工作。積極儲備干部資源。成立醫務二處。建立回國人員學術交流制度。讓回國人員在醫院或者科室作專題匯報交流發言，便及時了解和掌握最新的國際動態。重視醫學教育評估工作。全院動員，積極參與，充分準備，醫學教育工作得到醫學評估專家的肯定和贊揚。
醫院成立了經濟管理委員會，建章立制，實行財務、設備、藥品和工程建設中物資采購、招標議標等規范化管理。完成藥劑、設備和器材的成本核算，基本實現了藥品實庫存網絡管理。把心內科等7個臨床科室作為成本核算試點，為全院推行成本核算打基礎。
先后完成中心供應室、營養廚房、雙層連廊一期工程和靜脈藥物配置中心建設工程；實施對急診有限的空間充分的“挖潛”和改造。增加急診醫療用房717 m2，增設急診留觀察床位90張；完成1號樓外科病房大樓的大修和10號樓醫生辦公室的改建工程；改造和完善無障礙設施工程；門急診醫療綜合大樓建設工程8月28日完成結構封頂；進行天馬山分院改造工程，順利完成分院中生產車間的搬遷和改建工程的奠基。
經過近七十年的發展，中山醫院總部占地面積109畝，建筑面積177800平方米，核定床位1272張，現有工作人員2200名，其中中國科學院和工程院士3位，正副高級職稱近360名，享受國務院頒發政府津貼的專家76名。門急診人數每年約110多萬人次，住院22000人次，其中40 %來自中國各地。中山醫院是“211工程”和“985”重點建設項目的單位。設有7個研究所，即上海市心血管病研究所、復旦大學肝癌研究所、上海市中西醫結合康復研究所、上海市影像醫學研究所、復旦大學核醫學研究所、復旦大學血管外科研究所、復旦大學呼吸病研究所。有31個臨床科室，有7個醫技科室，10個診治中心，3個上海市衛生局臨床專業質量控制中心。病毒性心臟病實驗室為衛生部重點實驗室。癌變與侵襲原理重點實驗室為教育部重點實驗室。國家重點學科有內科學（心血管病、腎病、傳染病）、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學（普外科、骨科、泌尿外科、神經外科）、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學和中西醫結合臨床。肝腫瘤科和心內科是上海市領先學科和上海市臨床醫學中心，肺科為衛生部重點建設學科，麻醉科為上海市領先學科。
神經內科是平湖市第一家率先從大內科中獨立出來組建的專科，共有病床30張。擁有專科醫師5名，其中 副主任醫師2名，主治醫師1名，住院醫師2名。科內技術力量雄厚，有多名醫師曾先后在上海、杭州等上級醫院進修學習。
科室現配備有心電監護儀、腦電圖儀、腦電地型圖儀、多普勒腦彩超等設備，主要治療各種原因引起的腦溢血、腦栓塞、蛛網膜下腔出血、腦炎、周圍神經疾病、帕金森氏病、癲癇、三叉神經痛、頭痛、眩暈癥等。并開展錐顱穿孔，顱內血腫抽吸引流術及腦室穿刺抽吸引流術等。近年來，醫院先后引進的高檔螺旋CT、腦電圖機、高壓氧艙等高檔設備，又為神經系統疾病的診治提供了極大的方便。近年來，完成市級科研項目三項，院級科研項目一項，《微創穿刺粉碎清除術治療重型腦出血臨床研究》獲市科技進步三等獎。在省級以上專業期刊發表專業論文10篇。
為方便患者就診，醫院開設了神經內科專家門診，使神經內科常見的危重病如中風后遺癥、神經痛、帕金森病、各種腦膜炎、癲癇、頭痛、失眠、癱瘓等疾病均能得到方便、快捷、有效的治療。 呼吸內科經過數十年發展，在呼吸系統疾病的診斷和治療方面積累了豐富的經驗，綜合診治能力在本市處于先進水平。
現有住院病床20張，專科醫生6名，其中主任醫師1名、副主任醫師1名、主治醫師2名、住院醫師2名。擁有美國產肺功能儀、意大利產便攜式床邊肺功能儀、日本產纖維支氣管鏡和電子支氣管鏡、美國產無創呼吸機、血氣分析等先進設備，設有獨立的支氣管纖維鏡檢查室。開展了經纖支鏡取呼吸道分泌物、經支氣管鏡肺活檢、靜脈麻醉下支氣管鏡檢查術、灌洗、胸膜活檢，CT引導下經皮肺活檢，肺功能、呼吸道異物取出術、經支氣管鏡氣管支架置入術及支氣管鏡代替胸腔鏡對胸膜疾病等的檢查和治療，大大提高了不明原因肺部陰影、呼吸困難、咯血以及不明原因咳嗽、胸腔積液的診斷。擅長慢性阻塞性肺疾病、支氣管擴張癥、支氣管哮喘、肺部感染性疾病、肺部腫瘤、胸膜病變、肺間質疾病、自發性氣胸等疾病的診治，尤其在支氣管哮喘，大咯血，呼吸衰竭，肺心病心衰等疾病的治療和技術方面具有較高水平。近年來，完成平湖市級科研項目一項，在省級以上專業期刊發表專業論文多篇。 心內科是醫院重點科室，現設床位30張，有專業醫師11名，其中主任醫師2名，副主任醫師2名,主治醫師4名，住院醫師3名，技術力量雄厚，享有較高的知名度，綜合實力在本地區處于領先地位。其中，二位副主任醫師都被評為平湖市學科帶頭人及嘉興市學科帶頭人、后備人才。
擁有設施一流的ICU病房和中央監護系統、起搏分析儀、食道調搏儀、心電監護除顫儀、十二導動態心電圖儀、動態血壓儀、全數字多普勒B超診斷儀等先進的設備。
心內科一向以作風穩健、求實著稱。在冠心病、高血壓病、風心病、心肌病、心肌炎、心包炎、心內膜炎、心律失常、心功能不全的診治等方面積累了豐富的臨床實踐經驗，并取得了較好的效果。開展了室上性心動過速的食道電生理檢查和治療、安裝永久性及臨時性心臟起搏器等。同時還開展了床邊心肌肌鈣蛋白及尿鈉肽的測定，為急性心肌梗塞及心衰的診斷提供了快速的檢測方法；開展的靜脈溶栓治療，使急性心肌梗塞的死亡率明顯下降。近年來獲市科技進步二等獎2項、三等獎4項，在省級雜志上發表論文數十篇。 泌尿外科是醫院重點學科之一，也是全市設備最齊全的泌尿外科治療中心，在泌尿系統疾病診療技術方面 處于地區領先水平。本科技術力量雄厚，手術例數多，成功率高，在嘉興市范圍內也具有一定的影響力。
科室現有住院病床15張，配備有專科醫生7名，其中副主任醫師3名、主治醫師3名。擁有完善的泌尿系疾病檢測設備及檢測手段，為各種泌尿系疾病的診斷與治療提供了科學準確的依據，在周邊地區同類科室中獨具特色。并且在治療泌尿系疾病方面獲得了可喜的成就，贏得廣大患者信任。同時，科室還引進了前列腺汽化電切鏡、膀胱鏡、大力碎石鉗、尿道擴張器、輸尿管腎鏡及氣壓彈導碎石機等先進醫療器械設備。主要開展泌尿系統損傷、炎癥、畸形、結石、腫瘤的治療，并且開展了腹腔鏡治療腎上腺腫瘤、腎囊腫去頂術及腎輸尿管切開取石術等，具有創傷小、恢復快的特點，深受廣大患者的好評。近年來，完成市級科研項目四項，院級科研項目二項，在省級以上專業期刊發表專業論文10多篇。 全科共有專科醫生14名，其中副主任醫師2名，主治醫師10名，住院醫師4名，開設住院病床60張。長期聘請上海婦產科醫院孫紅教授來院坐診、手術。擁有SEMES50A胎兒監護儀、SODVIA—I型多普勒超聲血流分析儀、GD350—B型高頻電刀、TD200G電腦全自動氣囊助產儀、耳聲發射儀、經皮膽紅素測試儀、微波治療儀等先進醫療設備。
目前開展了腹腔鏡下宮外孕破裂修補術，囊腫切除、剝出術等手術，陰式子宮切除術，陰道前后壁修補術，宮頸癌盆腔清掃等手術。宮腔鏡下子宮內膜癌早期診斷、困難取環手術、宮內膜息肉摘除術。陰道鏡檢查診斷，宮頸炎的激光治療，宮頸癌前病變的錐切（leep）手術等。此外，還開展各種產科常見病、多發病的診斷和治療，各種高危產科的診治、搶救及應急處理；新生兒的聽力篩查及疾病篩查；各種婦科炎癥、出血、腫塊及急腹癥的診斷和治療；各種計劃生育手術、無痛人流、藥物人流等；開展婦科各種腫瘤疾病的手術治療及疑難雜癥的診斷和治療；頑固性功血的診斷和治療以及不孕、不育的治療；輸卵管通液術、輸卵管碘造影術等。 全科擁有床位88張，專科醫生15名，其中副主任醫師2名、主治醫師6名，住院醫師7名，科室主要成員均多次到上海、杭州等三級甲等醫院進修學習，是醫院的重點學科。擁有進口C—臂X機、三維下脊治療儀、骨折微波治療儀、CPM治療儀等先進醫療設備。
全科在骨科疾病的診治處于地區領先水平。目前除開展骨科常見病、多發病治療工作和各種全髖、全膝關節置換術，脊椎骨折、脫位前后路切開內固定術，頸、腰椎間盤突出髓核摘除術，各種骨病、骨腫瘤等治療外，已開展老年性骨質疏松癥、髖部骨折的微創手術治療、椎體成形術等新技術，并取得了滿意的療效。近年來，完成市級科研項目一項，院級科研項目五項，在省級以上專業期刊發表專業論文10多篇。 兒科成立于1985年。配有病床30張，專科醫生11名，其中副主任醫師1名、主治醫師6名、住院醫師5名、主管護師2名、護師8名，現有醫師、護士均有豐富的臨床經驗。以治療兒科常見病和多發病為主。科室經常派醫護人員到上海、杭州等地的三甲醫院進修學習，診療技術水平得到明顯提高。擅長治療各系統疾病，尤其是哮喘、過敏性咳嗽、支氣管肺炎、肺炎、反復呼吸道感染、腎炎、腎病綜合癥、過