農殘進行檢驗，對干茶葉取樣檢測的方法導致出現農殘大量超標現象。隨著歐盟實施的茶葉農殘檢驗標準越來越苛刻，中國對歐盟茶葉出口逐年下降，1998年中國對歐盟(25國)出口茶葉4.3萬噸，2006年出口茶葉1.8萬噸，九年間下降幅度達58.1%。[3]

在禽肉進出口方面，中美禽肉貿易面臨的嚴重問題是貿易不平衡，我國進口量大，出口量少，2008年中國自美進口禽肉超過60萬噸，出口為零。美國總統布什簽署的《2008財年綜合撥款法案》第733款規定，不得將該法案撥款用于制訂和實施有關允許中國禽肉產品進口，這嚴重影響了中美禽肉貿易。2009年3月10日，美國參議院正式通過涉及限制進口中國禽肉產品的《2009財年綜合撥款法案》第727條款，繼續關閉了中國禽肉產品出口到美國市場的大門。[3]

（二）提高出口成本，削弱我國農產品的出口競爭力

從經營成本角度來分析，TBT措施對農產品出口企業會產生成本障礙作用，具有負面影響，從而進一步削弱農產品出口企業的競爭力。

中國出口農產品受阻在很多情況下是信息系統不發達、缺乏對進口國各種技術限制的了解所導致的。首先，企業要獲取對方要求的標準、技術法規，只有通過貿易商社索取，常因交涉不利而貽誤成交機會，由此造成的交易成本使得企業出口成本增加。另外， 一些國家的技術標準很苛刻，中國許多企業現有生產技術和質量管理往往達不到相應的技術要求。如果勉為其難，勢必要修改或改變設計、工藝，甚至推遲交貨，相應地會增加企業的生產成本。例如，根據日本的命令檢查制度，一旦一個產品被命令檢查，其通關成本會成倍增加。中國每批輸日農產品通關費用平均約15～17萬日元，通關時間在4天左右，而被實施命令檢查的農產品通關時間則需10～20天，且倉儲、檢驗等通關費用成倍增加。[3]在某些綠色壁壘方面，如對比歐盟的動物福利標準，我國養殖企業還有較大差距。因此，我國對歐盟豬肉、牛肉類食品的出口一直較少。此外，隨著新標準的實施，歐盟對全過程的監管要求使企業在飼養、運輸、人力等方面的投資逐步增加，這意味著我國農產品對歐盟加工出口企業的生產成本將逐步增加。最后，為農產品進行衛生檢疫而延候誤時間，而時間具有價值，這將會導致機會成本的上升。

（三）易引發糾紛和貿易摩擦

由于進出口雙方關于技術性貿易壁壘的信息不對稱，雙方對技術法規、標準、程序、制度等理解不一致，或者由于進口方采取歧視性的技術性貿易壁壘，會導致雙方在進行貿易過程中發生各種糾紛，甚至是貿易摩擦。技術性貿易壁壘已成為引發貿易爭端的重要領域。在世貿組織爭端案例中，有28%與技術性貿易壁壘有關。中國與美國的技術性貿易糾紛主要體現在禽肉出口方面。2009年，美國國會無視美農業部基于現場調查、嚴格評估所得出的結論，僅憑對中國食品的成見和議員的主觀臆斷而出臺“727”條款。此外，該條款的解釋性說明對中國輸美禽肉產品設置了新的障礙。美方做法不僅毫無科學依據，而且嚴重違反WTO有關規則。2009年4月17日，中國商務部就美國不公平阻止中國肉雞出口正式向WTO提交了磋商請求。同年9月27日，商務部發布公告，宣布自即日起啟動對美進口雞肉產品發起反傾銷和反補貼(雙反)立案調查。[3]例如，中國雙孢蘑菇被美國海關以質量和安全為理由，扣押、索賠、退貨達100多批次。中國成為美國技術性貿易壁壘限制最多的國家，其蔬菜產品也和日本發生了多次貿易摩擦。[5]日本也與美國有農產品的技術性貿易壁壘糾紛。由于日本禁止進口帶火疫病的美國蘋果并制訂了極高的技術性貿易壁壘，導致了包括美國的幾個出口國的多次投訴并提交到WTO申訴，美國與日本的蘋果進口糾紛持續了30年。[10]

（四）造成農產品類別與農業區域發展不平衡

技術性貿易壁壘對于農產品出口企業而言，具有資源分配導向的作用。即面臨的技術性貿易壁壘森嚴的農產品，其生產投入會相應減少。相反，不受技術性貿易壁壘限制的農產品，則會吸引新增投入，進而擴大生產。因此，農產品出口企業自然趨利避害，會發展非受限農產品的出口，而某些不受技術性貿易壁壘限制的農產品（如羊絨等）過度發展，一方面會擠壓其他農產品的資源投入，導致農產品類別的不平衡發展，另一方面，過度發展某種農產品，會導致供過于求，甚至對出口國的生態和環保產生不利影響。

另外，技術性貿易壁壘對各省、市的外貿發展影響程度不平衡。分地區調查顯示，湖南、貴州等內陸地區因技術水平較低，標準認證、產品認證不完善，受國外技術性貿易壁壘的影響較重。[5]受到技術性貿易壁壘限制的地區農產品的發展就會落后于不受技術性貿易壁壘限制的地區，不利于我國各地區產業的均衡和和諧發展。

（五）使國內企業市場遭受沖擊

我國加入世界貿易組織后，農產品國內市場大門已經打開，從需求的可誘導性以及跨國公司跨國經營本土化的可行性來看，我國人口眾多，市場潛力巨大，對國外農產品或國外農產品企業吸引力是極大的。在WTO條件下，我國農產品市場的大門是敞開的，這必然給國外農產品或國外企業有可乘之機，對我國農產品產業、農產品市場、產生較大的沖擊，以及會因進口農產品衛生和質量問題而使我國農產品消費者利益受損。[5]另一方面，當前我國農產品生產者大都屬于小戶型生產者，生產規模較小。這種現狀就決定了生產者的盲從性。當一種產品市場需求量較大，價格水平較高時，農戶就會盲從的擴大生產，由于農業生產具有較長的時滯性，最后導致產品過剩與銷售價格下降。尤其是存在著技術性貿易壁壘時，當一種產品出口受到沖擊時，大部分生產者就會大幅度降低價格拋售該農產品，然后轉型生產別的產品。一旦針對該產品的技術性貿易壁壘消除，由于農戶已經轉型生產其它產品，市場上就會存在著該產品的供給缺口。因此，技術性貿易壁壘的存在，使得我國國內市場農產品的價格與供給都存在遭受沖擊的可能性。