1、退稅不同：
進料加工沒有退稅，但因進料加工的產品有些料是非保稅的，所以只是一件產品中的非保稅的部分計算退稅。一般貿易出口有退稅。
進料加工貿易的進口料件是免稅的，雖然進料加工貿易出口貨物也可以按一般貿易一樣申報退稅，但是必須把免稅部分沖減出來（原因很簡單，進口料件沒有負擔國內稅金，所以就不能享受出口退稅）；
所以進料加工貿易在計算出口退稅時要多計算兩個抵減額，一個是免抵退稅抵減額（就是用進料計稅金額*退稅率）和不得免征和抵扣稅額抵減額（用進料計稅金額*征退稅率之差）。
2、計算種類不同：
進料加工貿易方式的計算退稅出口企業在申請開具《生產企業進料加工貿易免稅證明》時，有兩種辦法：一是購進計算法；二是實耗計算法。
當期出口貨物不予免征、抵扣和退稅的稅額＝當期出口貨物的離岸價格FOB ×外匯人民幣牌價×（征稅稅率－退稅率）－當期海關核銷免稅進口料 件組成計稅價格×（征稅稅率－退稅率）
一般貿易出口退稅的計算：
根據《關于出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》第九條第二項第三款規定：開展進料加工業務的出口企業若發生未經海關批準將海關保稅進口料件作價銷售給其他企業加工的，應按規定征收增值稅、消費稅。
加工貿易由海關監管，海關總署規定保稅進口料件，不允許企業作價銷售，只能采取委托加工收回出口的方式。對此，為了避免沖突,統一管理，方便操作，本條明確進料加工海關保稅進口料件不再按作價銷售處理申請免稅證明處理，原出口企業作價銷售保稅進口料件的應征增值稅，暫不入庫，待收回的貨物出口后抵減應退的出口退稅款的政策取消。企業采取作價加工方式的，作價銷售保稅進口料件按內銷征稅，收回貨物復出口后比照一般貿易委托加工的方式計算退稅。
第四條第五項規定：外貿企業出口委托加工修理修配貨物增值稅退（免）稅的計稅依據，為加工修理修配費用增值稅專用發票注明的金額。外貿企業應將加工修理修配使用的原材料（進料加工海關保稅進口料件除外）作價銷售給受托加工修理修配的生產企業，受托加工修理修配的生產企業應將原材料成本并入加工修理修配費用開具發票。
將外貿企業進料加工以作價銷售方式的計算并入該公式，經海關批準在國內銷售的進料保稅料件不視為進料加工，應比照一般貿易委托加工公式，將保稅料件國內作價銷售的成本并入委托加工修理修配的增值稅退（免）稅計稅依據中計算。如果是外貿企業進料加工采用委托加工方式的，也應參照此公式計算，其委托加工修理修配的增值稅退（免）稅計稅依據為國內企業開具加工費金額。
外貿企業可以做進料加工，可以實行作價加工，作價銷售保稅進口料件按內銷征稅，收回貨物復出口后比照一般貿易委托加工的方式計算退稅。如果外貿企業進料加工實行委托加工，其加工費可以作為出口退稅計稅依據申報出口退稅。
外貿企業出口退稅申報系統注意事項：在進行“出口明細申報數據錄入”時，錄入進料加工手冊號等數據,點擊“保存”按鈕時，出現：“該手冊未在進料加工中未找到”的提示信息，可忽略該信息，點擊保存。
都是按照出口產品的退稅率計算的，沒有什么區別
問：我公司是一家外商投資生產企業，最近與國外客戶簽訂了一筆進料加工業務，在此以前，我們對進料加工業務沒有運作過，也不知道出口退（免）稅政策是如何規定的，我們很想了解一下加工貿易退（免）稅政策，進料加工與來料加工有什么區別嗎？如果進料加工復出口的貨物，由于申報退（免）稅不及時或其它原因不能退（免）稅，按規定征稅后其國內購進的輔料是否還可以做進項抵扣？假如我公司生產能力有限，將國外進料出售給其他企業加工后，我公司購回再出口的，是否違背出口退稅政策？
答：加工貿易是我國對外貿易的一個重要組成部分，它是指從境外保稅進口全部或部分原輔材料、零部件、元器件、包裝物料（下稱進口料件），經境內企業加工或裝配后，將制成品復出口的經營活動。
按出口企業類型分為：生產型企業加工貿易和外貿型企業加工貿易。按貿易流通方式分為：進料加工和來料加工。按貿易屬性種類分為：生產型企業進料自行加工和委托加工兩種形式；生產型企業來料自行加工和委托加工兩種形式。外貿型企業進料作價加工和委托加工兩種形式；外貿型企業來料委托加工一種形式。
對于加工貿易的退（免）稅規定可劃分為：（一）來料加工（生產企業與外貿企業政策相同）。其出口的貨物免征增值稅、消費稅；加工企業取得的工繳費收入免征增值稅、消費稅；但是，出口貨物所耗用的國內貨物所支付的進項稅額不得抵扣，轉入生產成本，其國內配套的原材料的已征稅款也不予退稅。
（二）進料加工。進料加工復出口貨物的退稅就復出口貨物的退稅環節看，退稅的辦法與一般貿易出口貨物退稅辦法基本上是一致的，但由于進料加工復出口貨物在料件的進口環節存在著不同的減免稅，因此，對已實行減免稅的進口料件必須實行進項扣稅，使復出口貨物的退稅款與國內實際征收的稅款保持一致，對不同形式的進料加工復出口貨物分別按不同的辦法處理。
1、外貿企業進料加工復出口的退（免）稅的規定。一是外貿企業采取作價銷售方式，在進料加工貿易方式下，外貿企業將減稅或免稅進口的原材料、零部件轉售給其他企業加工生產出口貨物時，應按銷售給生產加工企業開具的增值稅專用發票上的金額，填具《進料加工貿易申請表》，報經主管其出口退稅的稅務機關同意，征稅機關對銷售料件應交的增值稅不計征入庫，而由主管退稅的稅務機關在出口企業辦理出口退稅時在當期應退稅額中抵扣。外貿企業采取作價加工方式從事進料加工復出口業務，未按規定辦理進料加工免稅證明的，相應的復出口產品，外貿企業不得申請辦理退（免）稅。外貿企業從事的進料加工復出口貨物，主管退稅的稅務機關在計算抵扣進口料件稅額時，凡進口料件征稅稅率小于或等于復出口貨物退稅稅率的，按進口料件的征稅稅率計算抵扣；凡進口料件征稅稅率大于復出口貨物退稅稅率的，按復出口貨物的退稅稅率計算抵扣。二是外貿企業采取委托加工方式，外貿企業采取委托加工方式收回出口貨物的退稅，按購進國內原輔材料增值稅專用發票上注明的進項金額，依原輔材料適用的退稅率計算原輔材料的應退稅額，支付的加工費，憑受托方開具的增值稅專用發票上注明的加工費金額，依復出口貨物的退稅率計算加工費的應退稅額，對進口料件實征的進口環節增值稅，憑海關完稅憑證，計算調整進口料件的應退稅額。
2、生產企業進料加工復出口的退（免）規定。生產企業以進料加工貿易方式進口料件加工復出口的，對其進口料件應先根據海關核準的《進料加工登記手冊》填具進料加工貿易申請表，報經主管其出口退稅的稅務機關同意蓋章后，再將此申請表送主管其征稅的稅務機關，并準許其在計征加工成品的增值稅時，這部分進口料件按規定的征稅率計算稅款予以抵扣。貨物出口后，比照一般出口貨物實行退（免）稅，主管退稅的稅務機關在計算其退稅或抵免稅額時，應對這部分進口料件按規定的退稅稅率計算稅額并予以扣減。從事進料加工貿易方式的生產企業，凡未按規定申請辦理進料加工貿易申請表的，相應的復出口貨物，生產企業不得申請辦理退稅。
國外客戶推遲支付貨款或不能支付貨款的出口貨物，及出口企業以差額結匯方式進行結匯的進料加工出口貨物，凡外匯管理部門出具出口收匯核銷單（出口退稅專用）的，出口企業可按現行有關規定申報辦理退（免）稅手續。
對于進料加工與來料加工的區別可以歸納為以下幾點：
（一）不同點。
一是概念不同。進料加工是指進口料件由經營企業付匯進口，制成品由經營企業外銷出口的加工貿易；來料加工是指進口料件由外商提供，承接方既不需付匯進口，也不需用加工費償還，制成品由外商銷售，經營企業收取加工費的加工貿易。
二是原材料、零部件和產品的所有權不同。來料加工是由外商提供原材料、零部件、元器件、生產加工的產品完全歸外商所有，由外商支配；而在進料加工中，經營單位對原輔料和生產加工出來的成品擁有所有權。
二是兩者的貿易性質不同。在來料加工業務中，外商與經營單位是委托與被委托關系，經營單位接受外商委托并要按外商的要求進行生產加工，收取工繳費，純屬加工貿易性質；而在進料加工業務中，經營單位是自主經營，與銷售料件的外商和購買我成品的外商均是買賣關系，經營單位從中賺取銷售成品與進口原材料之間的差價，使外匯增值，屬于一般國際貿易性質。
三是產品的銷售方式不同。在來料加工業務中，生產加工出來的產品由外商負責運出我國境外自行銷售，銷售的好壞與我方毫無關系；而在進料加工業務中，經營單位在產品生產加工出來后要自己負責對外推銷，產品銷售情況的好壞與自己密切相關。
（二）相同點
一是兩種加工貿易都經歷了進口-加工-出口三個操作環節。
二是兩者具有共同監管方式，即對用于加工制造出口產品的進口料件實行海關保稅監管，在進口時進行監管登記，免征關稅和增值稅，產品出口時由海關核銷進口料件。
對于進料加工復出口的貨物不能退（免）稅按規定征稅后，其國內購進輔料是不可以抵扣的。因為，根據《國家稅務總局關于出口貨物退（免）稅若干問題的通知》國稅發[2006]102號相關規定，一般納稅人以進料加工復出口貿易方式出口應征稅貨物計算應納稅額公式：應納稅額=（出口貨物離岸價格×外匯人民幣牌價）÷（1+征收率）×征收率。可以看出，文中明確了進料加工復出口貿易視同小規模計算應納稅額，這與以往的政策規定不同，進料加工計稅依據發生了很大的變化，它否定了財稅[2004]116號、國稅發[2005]68號文件規定：進料加工復出口貨物的離岸價格與所耗用進口料件的差額計提銷項稅或計算應納稅額的政策規定，在理解上彎度要大一些。另外，我們還看到進料加工復出口應納稅額計算的征收率。應納稅額公式中征收率一詞，在《中華人民共和國增值稅暫行條例》中已有了界定，小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務的征收率為6%或4%，征收率只有小規模納稅人在計算應納稅額時適用。除進料加工復出口貨物不予退（稅）和小規模企業之外的視同內銷的出口貨物，在計算征稅中用的征稅率，一字之差概念不同。如：一般納稅人一般貿易出口貨物視同內銷的計算公式：銷項稅額=（出口貨物離岸價格×外匯人民幣牌價）÷（1+法定增值稅稅率）×法定增值稅稅率。如果您公司將國外進料銷售給其它企業，再加工后收回出口的貨物，是不符合生產企業加工貿易退（免）稅政策規定的（外貿企業以作價加工的除外）。但對于委托其它企業加工后出口的貨物是符合退（免）稅的規定，不過也要符合生產企業視同自產中委托加工的條件才可以。根據《國家稅務總局關于出口產品視同自產產品退稅有關問題的通知》（國稅函[2002]1170號）規定，生產企業委托加工收回的產品，同時符合下列條件的，可視同自產產品辦理退稅。
（一）必須與本企業生產的產品名稱、性能相同，或者是用本企業生產的產品再委托深加工收回的產品；（二）出口給進口本企業自產產品的外商；（三）委托方執行的是生產企業財務會計制度；（四）委托方與受托方必須簽訂委托加工協議。主要原材料必須由委托方提供。受托方不墊付資金，只收取加工費，開具加工費（含代墊的輔助材料）的增值稅專用發票。
若你公司的業務符合上述規定，是可以申報辦理退（免）稅的。