分校董事會成立暨第一屆董事會第一次會議在校本部英東學術會堂三層小會議室舉行。董事會為北京師范大學珠海分校最高決策機構，北京師范大學珠海分校試實行校董會領導下的校長負責制。全國人大副委員長許嘉璐擔任董事會名譽董事長，北師大原黨委書記陳文博為校董事會董事長。
2006年，珠海市委、市政府決定全額出資1.3億元，按照省一級高中標準建一所高水平、在省內具有競爭力和示范性的公辦高中。附屬高中由市教育局直接領導，北師大珠海分校實行全面管理。附屬高中最終定名“北京師范大學珠海附屬高級中學”。
2006年6月20日，北京師范大學珠海分校首屆畢業生畢業，走出校園。北師大校友總會會長、北師大原黨委書記陳文博寫信寄語祝賀。注：珠海分校畢業生被視為北師大的會員納入北師大校友會體系。
2007年9月17日，北師大珠海分校附屬外國語學校開工奠基，北師大珠海分校附屬外國語學校是珠海市“十一五”規劃項目，總投資1.2億元，規劃在校生4000人，為12年制寄宿學校。
2008年6月，珠海市委書記甘霖對北師大珠海分校作出重要批示，將北師大珠海分校辦學定位為“公益性、開放式、國際化、高水準”，支持北師大珠海分校建設高水平有特色的國際性一流大學。
2008年10月，北京師范大學黨委經商珠海市人民政府同意，決定由主辦方北京師范大學和珠海市人民政府聯合成立北京師范大學珠海教育園區領導小組，取代分校董事會領導珠海分校工作。至此，分校董事會完成了歷史使命解散，北京師范大學珠海教育園區概念被再次提起。
2008年11月19日，北京師范大學校本部發出文件，決定在北師大珠海教育園區成立北京師范大學珠海研究院。
2008年12月16日，北京師范大學珠海研究院揭牌儀式在北師大珠海分校國際交流中心報告廳舉行。儀式后與多家單位簽署合作協議，標志著北京師范大學珠海研究院的工作正式啟動，并開始實質性運作，象征北師大在南粵的二次創業的開始。并納入珠海教育園區，定性為北師大珠海教育園區的重要組成部分。
2008年12月17日下午，北京師范大學珠海分校召開行政會議指出北師大珠海教育園區將計劃再設立北師大珠海研究生培養基地（即北京師范大學研究生院珠海分院），北師大國家大學科技園珠海分園，按照四位一體（分校、研究院、研究生院、科技園）的發展規劃進行發展。
2009年3月25日，國家高新區、珠海林業局與北師大珠海分校共建“森林式大學”工程項目正式啟動。“森林式大學”工程是珠海市全民綠化運動森林建設系列項目之一，項目計劃在5至8年內，將珠海北師大建設成一個人與自然和諧、生態環境優美、富有南國地域風情、文化特色鮮明的森林大學。
2011年11月11日，為抗議珠海市未經環評聽證與公示，將在珠海分校校名石廣場與粵華苑學生生活區之間建設金琴高速高架橋，萬名學生在校名石廣場舉行了大規模的簽名抗議活動，此舉引起全國媒體關注，高架橋方案受輿論壓力暫時擱淺。
2011年12月16日，北京師范大學珠海分校迎來建校10周年紀念日，同日北京師范大學國家大學科技園落戶珠海分校，學校舉行了建校10周年慶祝活動，全面總結和廣泛宣傳了珠海分校10年的辦學成就，促進珠海分校各項事業大發展。
2013年7月1日，聯合國學術影響力項目證書頒發暨揭牌儀式就在北京師范大學珠海分校國際交流中心舉行，北師大珠海分校獲批準為“聯合國學術影響力成員”。
2013年11月30日，肇慶市人民政府與北京師范大學珠海分校合作創辦了北京師范大學（珠海）肇慶附屬學校。該校由北京師范大學珠海分校全面實施管理，是北京師范大學基礎教育改革創新實驗基地。
2014年4月25日，廣東省教育廳公布自2015年起，北京師范大學珠海分校所有專業在廣東省的招生錄取批次調整為二批本科A類，且不分區域全省招生。
出色的外語能力是附屬外國語學校學生的一個基本特征。
附屬外國語學校首開國內之先河，聘請大學教師進中小學課堂，為雙語教育提供師資保障；安排在北師大珠海分校工作的以英語為母語的優秀外籍教師教授口語課，分組教學，互動授課，提供充分的英語語言交流和學習環境，從源頭上解決英語發音純正問題，在寓教于樂的高效學習中奠定用英語順暢交流的能力。
引進先進的ESL教學法，這是以非英語為母語國家的學生能快速掌握的高效教學法，能降低學習門檻，增強學習興趣，優化學習過程，提高學習效率。 附屬外國語學校借助大學藝術教育資源，開設音樂、表演等特長班，特邀北師大珠海分校藝術與傳播學院的專業教師團隊擔綱中學部藝術課程教學，提升藝術教育層次和水平。
在此基礎上，學校開設藝術選修課程，陶冶學生的藝術情操，培育學生的藝術素養，為學生走藝術成才之路打好基礎。 留美直達車1
★中美高中雙文憑班----在珠海讀美國高中
經北師大珠海分校與中美大學聯盟簽約授權，附屬外國語學校與全美唯一可以授權在美國本土以外建立分校、合作中學、開展合作項目的美國埃派克斯中學合作，舉辦中美雙文憑高中班。學生享受與美國本土的高中畢業生同等的資格與待遇，完成規定學業并成績合格，申請入讀美國大學不再要求托福或者其他英語成績。
為支持本項目，中美大學聯盟將其旗下42所排名美國前300位的大學作為本項目的出口學校，凡學業合格學生，聯盟將100%保證將其錄取到上述美國大學，并為優秀的學生提供高額直至全額獎學金。
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★高三轉學分班----獲中美高中雙文憑
開辦一年制美國高中文憑班，凡英語水平達到所要求程度的中國高二學生，通過學分認證（18­---20學分），在附屬外國語學校學習一年，完成6—7個所需的美國高中學分，三年總平均成績在2.5/4.0以上，英語成績在80/100以上者，由美國埃派克斯中學授予高中畢業文憑，免托福考試申讀美國大學，并進入中美大學聯盟支持體系。