對比較多，具體兩個醫學院差別不是很大，復旦大學附屬醫學院，原來叫上海第一醫學院，交通大學附屬醫學院，原來叫上海第二醫學院。

上海交通大學的醫學院來自上海第二醫科大學，前身是由圣約翰大學醫學院、震旦大學醫學院、同德醫學院于1952年合并組建的上海第二醫學院。2005年并入了上海交通大學。

上海交通大學的臨床醫學專業有八年制（授予博士學位）、臨床醫學八年制（口腔醫學方向，授予博士學位）和臨床醫學五年制，有臨床醫學一級學科碩士、博士學位授予權和博士后科研流動部。教育部第四輪學科評估，上海交通大學臨床醫學評級為A+，與浙江大學并列第一。教師隊伍中有中國科學院院士4人，中國工程院院士13人。

上海交通大學有13所附屬醫院，其中有12所是三甲醫院。

這兩個大學的醫學院，在專業水平上的差別非常小，教育部的學科評估結果，也只是并列第一和并列第三的區別。不過要細分出來在兩個學校之間怎么選擇，還是要找個理由，分出個高低來。其實在我看來，在在高考中拿到那么高的分數，這兩個醫學院能進入哪一個都是相當好。