四國傳注釋》中引用《澳門記略》，并認為：“葡商寄居澳門之始，原於假地暴貨，揆諸當時情況，蓋為可信。”（注：見張維華《明史歐洲四國傳注釋》，上海古籍出版社，1982年，第38頁。）
但是，如果查對《明史·佛郎機傳》、《明實錄》以及其它史料，問題就來了。據記載，正德十五年，明朝當權者鑒于佛郎機侵奪鄰邦擾亂內地而“絕其朝貢”。正德十六年，佛郎機以接濟朝使為詞來粵求市，禮部明文指出“佛郎機非朝貢之國，又侵奪鄰封，獷悍違法，挾貨通市”，“且夷情叵測，屯駐日久，疑有窺伺”，下令“鎮巡等官亟逐之，毋令入境”。嘉靖二年，發生新會西草灣抗擊佛郎機的戰役。嘉靖八年，巡撫林富奏請通市舶，也仍然不許佛郎機入境。嘉靖二十六年，朱紈為巡撫，嚴禁通番，佛郎機先后侵犯漳州、詔安，遭痛擊。朱紈死后，海禁復弛，但明朝當權者并未允許佛郎機“入貢”。有事實為證：嘉靖四十四年，葡萄牙人“偽稱滿剌加入貢，已改稱蒲都麗家”，結果，“守臣以聞，下部議，言必佛郎機假托，乃卻之。”據此，自正德末嘉靖初起，明朝當權者對佛郎機一直有所警惕。那么，在嘉靖三十二年，作為非朝貢國的佛郎機想以“舟觸風濤縫裂，水濕貢物，愿借地晾曬”為借口，公開進入澳門，顯然是不可能的。那么，又該如何看待《廣東通志》的記載呢？筆者認為，《廣東通志》所說的舶夷，當是泛指所有外國船只，全段記載旨在說明澳門成為夷商聚居地的由來。把它簡單地套在佛郎機身上，恐怕有失妥當。
從上面所引《廣東通志》的記載中可知：政府官員的貪污受賄，是葡人能夠混入澳門的重要原因。關于這一點，在中外史料中均可找到證據。至于“托言”的事，筆者認為，雖然有可能發生，但是，如果說夷商借口舟觸風濤便是以入居澳門，則未免把事情簡單化了。
我們知道，嘉靖四十三年，也就是在葡人入澳約10年的時候，龐尚鵬在《區畫濠鏡保安隅疏》中提到：“每年夏秋之間，夷舶乘風而至，止二三艘而止，近增至二十余艘，或又倍焉。往年俱泊浪白等澳，限隔海洋，水土甚惡，難于久駐，守澳官權令搭蓬棲息，殆舶出洋即撤去之。近數年來，始入濠鏡澳筑室居住，不逾年多至數百區，今殆千區以上。”這段話表明了一個重要事實，即：夷商入濠鏡澳筑室之前，已得到守澳官的許可，在外島搭蓬棲息。至于沒有在島上久駐，主要原因在于夷舶乘季風往返，船的數量少，停泊的島嶼水土差，故而回帆撤去。隨著夷舶的大量增加，那種在外島上季節性進行貿易的方法，顯然已滿足不了海上貿易，尤其是殖民主義者對華擴張的需要。葡萄牙人在1521年被逐出屯門后，很可能曾在雙嶼形成“宏偉而富庶的居留地”，（注：參閱龍思泰著《早期澳門史》，東方出版社，1997年。）當這個居留地被當作“賊巢”夷為廢墟后，葡人先后在泉州、漳州、上川島、屯門、浪白澳等地活動，并有住所。葡萄牙作為殖民主義國家，冒險來到南亞和遠東的目的是為了“發現”，即開拓殖民地。葡人一旦有機會涉足濠鏡，那么“筑室居住”也就是理所當然的事情了。
對此，明朝的當權者是缺乏足夠認識的。雖然佛郎機以巨炮利兵橫行海上，已暴露出殖民者的面孔，但是，在一些人眼中，佛郎機畢竟有別于“夷狄”和“山海二寇”。這一點，從嘉靖二十八年朱紈被劾的事件中，得到充分反映。朱紈任浙江巡撫，曾采取嚴厲措施禁止通番，驅逐在浙閩沿海活動的葡萄牙殖民者，但遭到朝廷內外的反對，以至于被革職后飲藥自盡。反對朱紈的一個重要理由，正如閩人林希元在《與翁見愚別駕書》中所申述的：“佛郎機之來，皆以其地胡椒，蘇木，象牙，蘇油，沉、束、檀、乳諸香，與邊民交易，其價尤平，其日用飲食之資于吾民者，如米面豬雞之數，其價皆倍於常，故邊民樂與為市，未嘗侵累我邊疆，殺戮我人民，劫掠我財物。”還不僅如此，據林希元說，佛郎機初來時，“慮群盜剽掠累己”，曾驅逐“橫行海上，官府不能治”的強盜林剪，“據此則佛郎機未嘗為盜，且為御盜，未嘗害吾民，且有利于吾民也。”林希元也承認，佛郎機收買華人子女有罪，但在他看來，“罪未至於強盜。邊民略誘賣與，尤為可惡，其罪不專在彼”。林希元的觀點，是有一定代表性的，它反映了當時地方權貴對葡萄牙殖民主義本質缺乏認識。正由于朝廷內外有這么一股姑息佛郎機的勢力，葡萄牙殖民擴張活動才能夠得逞。
另一方面，中國是一個疆域廣闊、民族眾多的國家。早在西漢時期，京師長安城內便有“蠻夷邸”專供外人居住。北魏時的洛陽，則有“四夷館”。到了唐代，不僅在京城長安，而且在對外貿易口岸，都形成過外人聚居的“蕃坊”。唐朝末年，蕃坊一度衰落，到了宋代又重新復興，一直沿習到元代。如果考慮到中國封建王朝歷來奉行所謂“懷柔”政策，允許外人在領土上聚居，而當時明朝當權者通過開放濠鏡澳可以用合法（抽稅）或非法（受賄）的手段得到經濟上的好處，那么，可以設想，夷商從島上“搭蓬棲息”到入澳門“筑室居住”，并非是件難事。筆者認為，在海外貿易的稅收已成為地方政府官員收入來源的情況下，夷舶無需“舟觸風濤”的借口，只要舍得花錢，并服從抽分，那么，要求進入澳門“互市”，是不會遭到拒絕的。
關于葡人居澳的另一說法，是“混入說”，見《明史·佛郎機傳》：“先是，暹羅、占城、爪哇、琉球、浡泥諸國互市，俱在廣州，設市舶司領之。正德時，移于高州之電白縣。嘉靖十四年，指揮黃慶納賄，請于上官，移之濠鏡，歲輸課二萬金，佛郎機遂得混入。高棟飛甍，櫛比相望，閩、粵商人趨之若鶩。久之，其來益眾。諸國人畏而避之，遂專為所據。”（注：轉引自《中國近代對外關系史資料選輯1840—1949》，上海人民出版社，1977年。）
關于《明史·佛郎機傳》這一段記載，按戴裔煊先生考證，出自《天啟實錄》編者的按語。戴氏在《關于葡人入據澳門的年代問題》一文中指出，《天啟實錄》的按語本身是有種種錯誤的，明代廣東市舶提舉司并沒有移于電白，在當時，廣東封建統治的上層人物都一致反對的情況下，準許佛郎機僑寓濠鏡，是不能令人置信的事情，至于納賄而請于上官的“黃慶”，極可能是萬歷五年（1577年）以后移鎮澳門的王綽。由此，戴氏斷定：“認為葡萄牙殖民者從嘉靖十四年開始混入澳門，這種說法是不符合歷史實際的，不足為據。”（注：見戴裔煊《關于葡人入據澳門的年代問題》，載蔡鴻生主編《澳門史與中西交通研究》，廣東高等教育出版社，1998年，第10頁。）
戴氏關于葡人入據澳門年代問題的考證，總體上無疑是成立的，但認定葡人不可能從嘉靖十四年開始混入澳門，則未能完全令人折服。誠如戴氏所言，葡人于嘉靖三十二年至三十六年，即1553年至1557年間開始盤踞澳門，這是從中外史料中可以印證的，而在嘉靖三十三年（1554年）海盜何亞八被擒獲以前，葡人已經混入澳門，這又是無可懷疑的事實。那么，葡人是從什么時候開始混入澳門的呢？戴文除了否定嘉靖十四年外，沒有給予正面解答。筆者認為，如果斷定葡人在澳門用磚瓦木石建筑固定的永久性房屋，始于嘉靖三十六年（1557年），那么，在此之前，應當有相當一段搭茅暫住的時期，并且在搭茅暫住之前，還經歷了“附諸番舶雜至為交易”的階段。這么一個過程，在經濟發展緩慢的封建社會，恐怕不是三年五載能完成的。澳門向來是我國對東南亞各國番舶貿易的港口之一，在葡萄牙殖民者到來之前，早已有爪哇、浡泥、暹羅、真臘、三佛齊等國的商人來做買賣。嘉靖八年，林富請開海禁，諸蕃復通市，佛郎機已經牢固地占據了滿剌加，并且有正德末年入駐屯門的經驗，不可能不試圖“附諸番舶”，或假冒別國混入濠鏡，而這在當時的歷史條件下是不難做到的。《天啟實錄》和《明史·佛郎機傳》的記載確有這樣那樣的錯誤，但是，如果沒有其他確鑿證據，似乎還不能排除葡人在嘉靖八年以后不久便開始混入濠鏡澳的可能。
另外，與其他關于葡人入居澳門的說法相比，《明史》用“混入”兩字描述佛郎機進入濠鏡澳的方式，顯然更準確，更符合歷史實際。林富曾提出：“於洋澳要害去處，及東莞縣南頭等地面，遞年令海道副使及備倭部指揮，督率官軍，嚴加巡察，凡舶之來，出于《祖訓》、《會典》之所載者，密伺得真，許其照舊駐扎。其《祖訓》、《會典》之所不載者，如佛郎機，即驅逐出境。”這種區別對待的政策固然不錯，但在實施上卻是困難的。因為要有效地做到這一點，至少需要兩個條件，一是能準確區分佛郎機與其他番商，二是有足夠的海上兵力。如果這兩個條件，尤其是第二個條件，不能得到滿足，驅逐佛郎機便只能是一句空話。而當時的情況是，明朝當權者既昧于外情，又無堅固的海防。在開國之初，明朝尚有一定實力在沿海島嶼設置水寨，踞險伺敵。但是到了明末，“水寨之名雖在，而皆自海島移置海岸”，“巡舟戰艦，朽蠹而弗修，弓械于櫓，缺敗而亡用”。翻開《明實錄》，隨處可見海防廢弛的記載。在這種情況下，很難設想能夠御敵于國門之外。特別是愈來愈嚴重的海患，對明朝當權者更是造成威脅。嘉靖三十一年，海道副使丁湛將朱紈招來的捕盜船只遣散，雇募漁船以資哨守，“以致群盜鼓行而入，攻毀縣治，若蹈無人境耳。”嘉靖三十二年三月，“海賊汪直，糾漳、廣群盜勾集各梟倭大舉入寇，連艦百余艘，蔽海而致”，“濱海數千里，同時告警”。在廣東方面，則有海盜何亞八、鄭宗興之輩，糾合番賊，劫掠沿海鄉村。同年六月，全國各地發生嚴重自然災害，從山東、山西到湖廣、浙江，“所在兇歉，或經歲恒暘，赤地千里，或大水騰溢，畎圳成川；或草根木皮，掘剝無余，或子女充飧”。隨之而來的是“盜賊公行，道路梗塞”，“倭夷狂噬，井邑丘墟，饑饉師旅，交興沓至”。（注：參閱鄭梁生編校《明代倭寇史料》，臺灣文史哲出版社，1987年。）在社會大動亂的情況下，葡萄牙殖民者乘虛而入，可以說是易如反掌，毫不費力的事情。拒佛郎機于境外，明朝當權者非不想為也，實不能為也。
再者，葡萄牙的殖民擴張，一方面憑借巨舶大炮，另一方面打著“求市”旗號。掌管海外諸蕃朝貢市易的市舶提舉司，關心的是“征私貨，平交易”，所謂“夷人入貢，附至貨物照例抽盤，其余蕃商私赍貨物至者，守澳官驗實申海道，聞于撫按衙門，始放入澳，候委官封籍，抽其十之二，乃聽貿易。”在“中外搖手不敢言海禁事”的大氣候下，夷商接踵而至，而內地商人（其中不乏走私奸商、官家權貴）又“趨之若鶩”，佛郎機何愁不能混入并竊據澳門？
葡人入住澳門的第三種說法是“占領說”，出自18世紀葡萄牙殖民大臣卡斯特羅（Martinho de Mello e Castro）的一份備忘錄。根據殖民主義者的邏輯，“主權乃是以征服的權利為基礎的”，誰以武力征服了一個地方，誰就擁有這個地方的主權。為了證明葡萄牙對澳門擁有主權，卡斯特羅說，葡萄牙人肅清了在中國海騷擾的海盜和亂賊，進而襲擊并征服了控制香山的酋領，占領了島嶼。這種征服，是用葡萄牙軍隊并以葡萄牙人的鮮血為代價的。為了貿易的目的，葡萄牙人對澳門進行了最好的改造，建造了城市。這位殖民大臣的論調，并無任何歷史文獻的證實，實際上是“侵略有理，殖民有功”論的翻版，但卻被蒙塔爾托·德·熱蘇斯（Montalto de Jesus ）引用進其著作《歷史上的澳門》中，并得以謬種流傳。這種說法，理所當然地受到中國學者以及所有尊重歷史的外國學者的駁斥。（注：參閱戴裔煊《關于澳門歷史上所謂趕走海盜問題》，載《中山大學學報》1957年第3期。 又見周景濂《中葡外交史》，張天澤《中葡早期通商史》，張維華《明史歐洲四國傳注釋》，龍思泰《早期澳門史》。）
葡人居澳的第四種說法是“酬勞說”。所謂“酬勞”，是指葡萄牙人趕走盜賊，明朝當權者表示酬謝，給予澳門居住。這種說法，最初見于西方來華傳教士的著作。1641年，葡籍耶穌會士魯德昭（Alevares de Semedo ）在其著作《中國及其鄰近地方傳教志》中稱：澳門地小多石，易于防守，當時有許多盜賊盤踞其間，劫掠附近地區。中國官吏想除害，知葡人強悍善戰，請其代為驅逐，并答應事成之后將澳門給葡人居住。葡人接受條件，殲滅海盜，于是在澳門筑室而居。另一耶