一、性質不同
一般貿易進口屬于進口貿易，大多數是企業之間的一種商業行為，因此需要進出口合同、發票等基本商業單據，還需要提單等一系列貨運單據。
跨境電子商務面對的在一般是直接的消費者，而對于一般消費者而言，完成進口貨物的通關是一件非常耗時耗力的事情，同時對于海關來說，也需要占用大量的行政資源。
跨境電子商務從本意上是國家想對跨境電子商務實現有效監管，消除“海淘”、“海代”等對進口市場的沖擊，進行規范性的引導。
二、稅收制度不同
首先引入一個關鍵詞“稅制”，與大多數國家不同，我國在進出口環節實行的并非單一稅制，對于進境商品，區分性質征收：貨物稅和物品稅。
貨物稅就是針對一般進出口貿易行為產生的進出境貨物所征稅，其征稅標準是《稅則》，包括確定稅號、完稅價格、監管證件等一系列行為，征收的稅種包括關稅、增值稅、消費稅。
雙反稅等等。物品稅則是指對個人攜帶進出境的行李物品、郵寄物品征收的稅（《海關法》第46條），征稅標準是《進境物品稅目表》，分商品類別，確定幾檔征稅，征收的稅種就是進境物品稅（行郵稅）。
跨境電商常接觸的一個詞“保稅備貨”，關于這個問題，比較復雜。
規范的說法是“保稅進、行郵出”（海關總署公告2014年第56號有詳細解釋），簡單說就是商品免稅進入保稅區，出區時候征收行郵稅。關于進境貨物稅和物品稅，孰高孰低不能一概而論，但總體從稅額上來說，物品稅可能較低。
三、監管方式同
新政提出要在跨境電商鄰域推行一般貿易監管模式，在跨境電商行業引發了一場強震，并有可能成為壓死綜合試驗區內跨境電商“正規軍”的最后一根稻草。
一般貿易進口的監管更嚴格，手續要求更嚴格、更繁瑣，耗時更長。
關于一般貿易檢驗檢疫的繁復，以食品為例：辦理通關單需隨附原產地證書、衛生證書、食品成分分析表、進口許可證、企業首次進口食品類的進口聲明、出入境食品包裝備案書、安全性評估材料等10余種單據。
還需辦理境外生產企業注冊、境外出口商備案等前置性審批，不僅手續繁雜、辦理時間長，且未能滿足前置性審批條件的商品將無法進口。
四、環節不同
在外貿電商時代，進出口的環節并沒有任何縮短或改變，而跨境電商則要求盡量減少或縮短各種環節以盡量降低中間成本。
五、交易方式不同
在外貿電商時代，交易都是在線下完成的，而跨境電商則大多在線上直接完成交易。
六、稅收不同
外貿電商體現的是傳統的一般貿易，涉及到復雜的關稅、增值稅及消費稅等，而跨境電商面臨的稅收一般就要簡單很多，如很多只涉及行郵稅而已。
七、經營模式不同
外貿電商的基本模式是B2B，而跨境電商的主流模式卻是B2C。
顯然，跨境電商的確不等于外貿電商，跨境電商體現的是一種與傳統的外貿電商有極大不同的新型的運行模式；只不過廣義的跨境電商也包含了外貿電商而已。
擴展資料：
1、貿易方式的不同
一般進口貿易所有流程都是線下進行的，包括面對海關、國檢等部門的監管所提供的商業合同、單據等手續，都需要兩個企業面對面一一對接；
跨境電商大部分是用B2C貿易方式，全都進行線上交易，大大減少了解決貨物通關各項流程的時間和精力。這也就體現出了跨境電商平臺高效、便捷的優勢。并且在跨境電商平臺交易時商品大部分都是未納入海關統計的。
2、通關模式也有所不同
一般貿易進口是需要向口岸海關申報，稅制為貨物稅，需要繳納的稅費包括的稅種較多，監管手續也很嚴格，總之就是時間長而且成本高；跨境電商的通過模式有很多種，包括分類通關、無紙化通關等，而且商品大多是原裝本土版，有效節省清關、人力及發貨成本，提高了速度與效率。
3、物流方式不同
一般貿易進口方式多為集裝箱式的海上運輸，容量較大，進口商在海關辦理完手續后將貨物體會自己的倉庫存放；跨境電商的物流方式有國際小包、快遞、海外倉儲等方式，顯然是比走海路要快的。
外貿電商和跨境電商有什么不同，稅收上有什么區別？
如今很多人混淆了傳統外貿電商與新型跨境電商，那么二者有何不同呢？
外貿電商和跨境電商有何不同：
稅收不同：外貿電商主要是傳統的一般貿易，涉及到了非常復雜的關稅、增值稅、消費稅；然而跨境電商所面臨的稅收是非常簡單的。
主體不同：在外貿電商時代，外貿企業僅僅是運用電子商務手段推廣宣傳自己以及產品，從網上進行尋找外商求購信息等，主體便是信息流；而在跨境電商時代，人們卻要試圖利用網絡將商品直接銷售給海外消費者，主體便是商品流。
交易不同：在外貿電商的交易都是在線下完成的；而跨境電商大多都是在線上直接完成交易。
環節不同：在外貿電商里進出口的環節并沒有任何縮短、改變；而跨境電商就要求盡量減少、縮短各種環節，以盡量降低中間成本。
模式不同：外貿電商基本模式為B2B；而跨境電商主流模式為B2C。那么跨境電商的確不等于外貿電商，跨境電商體現的是一種和傳統的外貿電商有極大不同的新型的運行模式；只不過跨境電商也包含了外貿電商。