上海仁濟醫院屬于綜合性三級甲等醫院，大部分疾病都可以治。特色科室有風濕科、消化科、泌尿科、婦科。
醫院設有50個臨床醫技科室：消化科、心內科、血液科、風濕病科、老年病科、呼吸科、腎臟科、神經內科、內分泌科、腫瘤科、腫瘤介入科、康復科、急診科、核醫學科、放射診療科、泌尿科、胃腸外科、膽胰外科、乳腺外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神經外科。
功能神經科、肝臟外科、整形外科、麻醉科、中醫科、兒科、眼科、婦產科、婦科腫瘤科、生殖醫學科、五官科、頭頸外科、皮膚科、感染科、口腔科、營養科、放射科、超聲醫學科、病理科、檢驗科、藥劑科、輸血科、內科門診、健康管理中心、變態反應科、重癥醫學科。