第一上海兒科醫院，第二上海兒童醫院，第三上海新華醫院兒科
復旦大學附屬兒科醫院與上海兒童醫院各有所長。
復旦大學附屬兒科醫院
復旦大學附屬兒科醫院創建于1952年，系國家衛生計生委三級甲等醫院，是集醫、教、研、防為一體的綜合性兒童專科醫院，是全國兒科學重點學科、國家“211”工程和“985”工程建設單位，是最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授權點、臨床醫學（兒科學組）博士后流動站的單位。目前是中華醫學會兒科分會前任主任委員單位；上海醫學會兒科學會主任委員、上海醫學會小兒外科學會主任委員單位。是《中華兒科雜志》主編單位。是國家和上海市兒科專科醫師及住院醫師規范化培訓基地；上海市兒科臨床質控中心依托單位。連續7次蟬聯上海市文明單位。2014年，醫院榮獲
“上海市五一勞動獎狀”。
上海市兒童醫院
上海市兒童醫院、上海交通大學醫學院附屬兒童醫院的前身是“難童醫院”，由中國著名兒科專家富文壽、中國現代兒童營養學創始人蘇祖斐等前輩創建于1937年。院名、院址歷經變遷，于1954年與上海市兒童保健院合并更名為上海市兒童醫院，2003年3月又正式成為上海交通大學附屬兒童醫院。擁有一批重點學科，是一所集醫療、教學、科研、保健、康復于一體的三級甲等綜合性兒童醫院；是上海市文明單位。
醫院占地面積1.59公頃，建筑面積約2.5萬平方米，核定床位300張，職工780余人，年門診量逾100萬人次，住院病人逾1.5萬人次。位于普陀區長風生態商務區的新院將于2010年動工，占地面積約39畝，核定床位550張。
孩子生病家長當然希望帶去好的兒童醫院，那么上海最好的兒童醫院是哪家呢？
周浦醫院兒科成立于1986年5月，建科以來，兒科遵循“救死扶傷，全心全意為患者服務”的宗旨，注重人才培養及引進，不斷學習，努力提高專業技術水平，逐漸在周邊地區享有較高聲譽，兒科隊伍也逐漸壯大，發展成為一支醫術精湛、踏實認真、團結進取、溫馨和諧的團隊。
東方醫院自1920年起就開始為兒童提供醫療服務，是我國提供兒科醫療服務歷史最悠久的醫院之一，承擔著浦東地區部分兒童保健、醫療及科研任務。年門診量120,000—150,000人次。目前兒科有本部和南院兩部分，開設門急診、專家門診以及特需服務，同時設置留觀床位收治病患。
上海市兒童醫院、上海兒童醫院、上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心、復旦大學附屬兒科醫院、上海交通大學醫學院附屬新華醫院、上海市同濟醫院、上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院、復旦大學附屬中山醫院、上海中醫藥大學附屬龍華醫院、上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院。
每個醫院都有自己的擅長特色，各有所長，復旦兒科在新生兒方面實力是最強，兒童醫學中心在先天性心臟病方面實力最強，兒童醫院內分泌，呼吸，ICU實力都很強。新華醫院在遺傳代謝和傳染病，哮喘方面實力最強。