歷史沿革。我校創建于1949年，時稱華東軍區人民醫學院。1950年改稱上海軍醫大學。1951年7月正式定名為第二軍醫大學。
整體實力。學校是國家“211工程”和軍隊“2110工程”重點建設院校，是軍隊3所設置研究生院的單位之一，是全國11所開辦八年制醫學教育的院校之一，是36個“國家生命科學與技術人才培養基地”之一，是我軍的外軍醫學留學生培訓基地。
體制編制。機關設四部一院（訓練部、政治部、校務部、科研部和研究生院），下轄一部（基礎部）、六系（海軍醫學系、藥學系、衛生勤務學系、護理系、中醫系、外訓系）、研究生管理大隊、3所附屬醫院、5個干休所。
人才培養。學校的主要培訓層次有研究生教育、本科生教育、任職教育和留學生教育等。開設長學制醫學教育（七、八年制）、臨床醫學（五年制）、海軍臨床醫學（五年制）、麻醉學（五年制）、藥學（四年制）、護理學（四年制）、公共事業管理（四年制）、生物技術（四年制）、中醫學（五年制）等9個專業。校黨委始終堅持教學工作的中心地位不動搖、教學改革的核心地位不動搖、教學基本建設的優先地位不動搖，穩步推進教學改革，狠抓教學質量建設。“十五”以來，共獲得國家教學成果獎3項，軍隊教學成果一等獎3項、二等獎9項。先后有10篇研究生論文入選“全國百篇優秀博士學位論文”。
學科水平。實施了“1272”學科建設工程，大力推進學科建設。現有國家重點學科一級學科2個（基礎醫學、藥學），二、三級學科26個，軍隊“2110工程”重點建設學科3個（航海醫學、軍事生物工程和野戰內科學），總后“530工程”重點建設學科2個（軍隊衛生勤務學和野戰護理學），上海市重點學科7個。現有博士后流動站6個，博士學位授權一級學科6個，博士學位授權二、三級學科61個，碩士學位授權二、三級學科78個；學位授權學科涉及醫學、法學、教育學、文學、理學、工學、管理學7大門類，基本覆蓋學校現有學科專業，覆蓋率達到95.7%。現有國家重點實驗室1個：醫學免疫學；教育部重點實驗室1個：分子神經生物學。擁有全軍重點實驗室10個，其中免疫與基因治療實驗室、生物信號轉導實驗室和藥物化學實驗室被評為全軍“重中之重”重點建設實驗室。
師資隊伍。實施了“5511”人才建設工程，全面推行科室主任聘任制。科技干部隊伍中，有兩院院士5名（中科院院士：吳孟超、陳宜張，工程院院士：曹雪濤、王紅陽、廖萬清），“長江學者獎勵計劃”特聘教授4名（曹雪濤、王紅陽、夏照帆、何成）、“973”首席科學家3名（曹雪濤、郭亞軍、潘衛慶），榮獲全軍專業技術重大貢獻獎和軍隊專業技術人才獎4人（吳孟超、廖萬清、曹雪濤、李兆申），國家有突出貢獻中青年專家6名（戚中田、朱明學、張寶仁、廖萬清、賈連順、侯春林）、“百千萬人才工程”人選5名（曹雪濤、戚中田、何成、夏照帆、楊甲梅）、“中國青年科技獎”5名（曹雪濤、何成、章衛平、蔣春雷、張衛東）、總后“三星”人才41名、一代和伯樂獎22名，上海市醫學領軍人物9名。博士生導師184名，碩士生導師414名。
科技創新。學校積極推進科研管理體制改革和機制創新，加強重大、重點項目的研究和聯合攻關，著力活躍學術氛圍，促進了科研規模、水平、效益的持續發展。近三年，學校共承擔各類縱向科研課題653項，經費2.1億多元。其中，承擔國家自然科學基金面上項目270項，重點、重大項目6項。共獲軍隊級（含省部級）以上科技成果獎共196項。其中國家科學技術獎1項，國家自然科學二等獎1項，國家技術發明二等獎1項，國家科技進步二等獎2項，上海市自然科學一等獎1項，上海市科技進步一等獎6項，軍隊醫療成果獎一等獎5項，中華醫學科技一等獎1項，上海市醫學科技一等獎4項，軍隊科技進步二、三等獎36項，軍隊醫療成果二、三等獎70項。
醫院建設。學校附屬長海、長征和東方肝膽外科醫院以“救死扶傷，服務軍民”為宗旨，堅持科技興院、質量建院、從嚴治院、勤儉辦院，醫院整體建設水平在軍內外，目前，共展開床位3500余張，年收治病人6萬多人次，年門急診量達200多萬人次。在醫療特色上，肝膽外科、胸心外科、燒傷外科、骨科、神經外科、泌尿外科等傳統特色更加鮮明，并在肝臟、腎臟等器官移植術，前列腺疾病微創治療術，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病診治技術等方面形成新的特色。目前，三所附屬醫院共有10個全軍醫學研究所，10個全軍醫學專科（專病）中心，3個國家中醫藥管理局重點專科（專病）中心，4個上海市臨床醫學中心。三所醫院均為三級甲等醫院，長海醫院榮獲“全國百佳醫院”稱號，長征醫院在全軍開展的優質服務競賽中連續三屆榮獲“白求恩杯”，東方肝膽外科醫院已發展成為國家軍隊知名的專科醫院。